More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0940 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  606  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 299 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  58.53 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  52.41 
 
 		 300 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 283 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 321 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  39.27 
 
 		 314 aa  195  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  41.26 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 329 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 315 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 323 aa  188  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 316 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 321 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 321 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 330 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 332 aa  182  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.88 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  35.46 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 326 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 331 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6097  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>