More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3465 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  680    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  77.33 
 
 		 329 aa  512  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 312 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  75.77 
 
 		 315 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 320 aa  504  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  74.39 
 
 		 325 aa  490  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  71.78 
 
 		 312 aa  488  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  71.12 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 323 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 329 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 315 aa  351  8e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  54.86 
 
 		 314 aa  351  8.999999999999999e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  54.55 
 
 		 314 aa  349  3e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  53.44 
 
 		 314 aa  348  9e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 318 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  56.38 
 
 		 318 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 330 aa  332  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 317 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 317 aa  328  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 317 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 359 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 321 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 321 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 317 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 301 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 330 aa  268  7e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 330 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 304 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 314 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 306 aa  242  7e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.1 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 283 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  35.62 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  169  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 315 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 315 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>