More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4001 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  676    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  98.48 
 
 		 330 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  93.07 
 
 		 332 aa  632  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  91.54 
 
 		 331 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  91.54 
 
 		 331 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  91.54 
 
 		 331 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  57.28 
 
 		 314 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 329 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 318 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  45.34 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  46.3 
 
 		 318 aa  271  9e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 312 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  45.6 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 312 aa  269  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 321 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  47.02 
 
 		 301 aa  265  5.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  48.42 
 
 		 329 aa  265  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 304 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 325 aa  264  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  46.74 
 
 		 314 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 304 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 314 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 317 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 317 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 321 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 321 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 323 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.23 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  39.49 
 
 		 330 aa  219  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 283 aa  215  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  36.09 
 
 		 310 aa  189  8e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 311 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 291 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 315 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>