More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4061 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  91.75 
 
 		 297 aa  543  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 290 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  47.78 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 330 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 310 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 301 aa  234  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 308 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 315 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 326 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 331 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 330 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 314 aa  152  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 318 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 318 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 312 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 329 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 332 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 321 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 321 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 359 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 307 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  34.72 
 
 		 314 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 350 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6097  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>