More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6136 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  642    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  98.73 
 
 		 314 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 332 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 330 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 330 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 331 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 331 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 331 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 325 aa  253  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 329 aa  251  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  40.51 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 316 aa  249  5e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 330 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 329 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 318 aa  229  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 314 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  40.7 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 317 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 317 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  39.23 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 303 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 315 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 299 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  32.91 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 290 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 291 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>