More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5675 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  613  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  71.02 
 
 		 326 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  68.77 
 
 		 331 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 300 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 301 aa  277  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 299 aa  275  6e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 318 aa  256  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  48.48 
 
 		 310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 305 aa  252  5.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  46.51 
 
 		 330 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 290 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 291 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 315 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 329 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  36.55 
 
 		 314 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 350 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 359 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4914  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.33 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.616715  normal  0.114605 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  146  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  33.67 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>