More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0428 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  98.69 
 
 		 307 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 302 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 321 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 350 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 329 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 331 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 331 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 331 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 359 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 311 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 332 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 330 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 312 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 317 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  37.32 
 
 		 314 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  35.14 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 310 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 326 aa  149  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 331 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>