More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5942 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  99.01 
 
 		 321 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  86.53 
 
 		 304 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 329 aa  272  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 314 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 331 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 331 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 331 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 332 aa  261  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  41.1 
 
 		 314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  44.72 
 
 		 329 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 312 aa  254  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 318 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 330 aa  248  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 317 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 317 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 359 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 283 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.87 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 350 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 330 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  34.46 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 312 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 291 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>