More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1379 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1379  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  618  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1779  transcriptional regulator, LysR family  98.66 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1264  transcriptional regulator, LysR family  77.36 
 
 		 297 aa  490  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2730  transcriptional regulator, LysR family  77.47 
 
 		 297 aa  487  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0972746  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  49.32 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.98 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.97 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.97 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.97 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.97 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4914  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.64 
 
 		 302 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.616715  normal  0.114605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 299 aa  291  9e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 330 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 330 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 321 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 325 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  30.31 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 359 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  26.47 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  26.3 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>