167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_07056 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_07056  hypothetical protein  100 
 
 		 109 aa  211  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  95.33 
 
 		 283 aa  199  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  72.38 
 
 		 282 aa  157  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  54.74 
 
 		 285 aa  104  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.74 
 
 		 285 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  54.74 
 
 		 285 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 285 aa  103  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  54.74 
 
 		 285 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 285 aa  103  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 285 aa  103  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  54.74 
 
 		 285 aa  103  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 285 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  48.57 
 
 		 267 aa  83.6  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.34 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 282 aa  73.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.68 
 
 		 282 aa  68.2  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 284 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 284 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  44.94 
 
 		 284 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  44.94 
 
 		 284 aa  67  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  41.18 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2047  RpiR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.573042  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 284 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  36.96 
 
 		 279 aa  64.7  0.0000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2049  RpiR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 282 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  40.66 
 
 		 304 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2292  transcriptional regulator, RpiR family  43.82 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000761492 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2377  transcriptional regulator, RpiR family  42.7 
 
 		 170 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202782  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  43.96 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 304 aa  57.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 282 aa  57.4  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  38.37 
 
 		 285 aa  57  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2110  RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.365003  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  36.05 
 
 		 322 aa  55.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  54.7  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  34.78 
 
 		 296 aa  54.7  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  34.74 
 
 		 315 aa  54.3  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  37.93 
 
 		 281 aa  53.9  0.0000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  36.47 
 
 		 284 aa  53.5  0.0000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  32.97 
 
 		 298 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  41.57 
 
 		 286 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 320 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  52.8  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  33.72 
 
 		 319 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 279 aa  51.2  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.89 
 
 		 299 aa  50.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  38.04 
 
 		 327 aa  50.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  28.85 
 
 		 307 aa  50.1  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 279 aa  50.1  0.000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 285 aa  50.4  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 287 aa  50.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 287 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  36.36 
 
 		 287 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 306 aa  48.9  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 320 aa  48.9  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  39.29 
 
 		 287 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  39.29 
 
 		 287 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 287 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 292 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 292 aa  48.1  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 292 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.55 
 
 		 284 aa  47.8  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  35.44 
 
 		 288 aa  47.4  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 270 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  36.56 
 
 		 304 aa  47.4  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  46.2  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 280 aa  46.6  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 284 aa  47  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 282 aa  46.2  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 280 aa  46.6  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2881  N-acetylmuramic acid-6-phosphate etherase  28.7 
 
 		 308 aa  45.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  40 
 
 		 285 aa  46.2  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 291 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>