More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0954 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  100 
 
 		 405 aa  804    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  65.93 
 
 		 400 aa  537  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  69.5 
 
 		 402 aa  535  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  68.07 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  66.17 
 
 		 433 aa  531  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  67.99 
 
 		 405 aa  530  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  66.17 
 
 		 400 aa  525  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  67.77 
 
 		 402 aa  521  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  63.86 
 
 		 400 aa  518  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  64.59 
 
 		 403 aa  520  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  63.84 
 
 		 399 aa  519  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  67.49 
 
 		 400 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  65.68 
 
 		 400 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  64.22 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  66.17 
 
 		 406 aa  511  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  64.34 
 
 		 395 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  64.76 
 
 		 400 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  62.78 
 
 		 397 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  63.7 
 
 		 400 aa  508  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  66.25 
 
 		 402 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  65.41 
 
 		 402 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  65.66 
 
 		 402 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  64.76 
 
 		 400 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  64.02 
 
 		 397 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  64.76 
 
 		 417 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  65.57 
 
 		 402 aa  499  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  66 
 
 		 402 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  63.77 
 
 		 397 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  63.52 
 
 		 397 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  62.78 
 
 		 397 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  63.52 
 
 		 397 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  63.28 
 
 		 400 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  67.67 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  63.52 
 
 		 400 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  63.28 
 
 		 397 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  65.39 
 
 		 400 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  68.46 
 
 		 460 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  61.62 
 
 		 405 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  61.62 
 
 		 405 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  65.93 
 
 		 400 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  64.5 
 
 		 395 aa  488  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  66.92 
 
 		 402 aa  481  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  57.54 
 
 		 406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  55.86 
 
 		 406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  57.79 
 
 		 406 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  55.36 
 
 		 406 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  55.45 
 
 		 400 aa  442  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  54.95 
 
 		 406 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  56.11 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  56.57 
 
 		 404 aa  430  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  38.63 
 
 		 411 aa  247  2e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  38.14 
 
 		 411 aa  247  3e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  38.41 
 
 		 411 aa  246  4e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  40.1 
 
 		 411 aa  245  9e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  38.9 
 
 		 408 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  38.27 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  37.44 
 
 		 468 aa  238  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  38.5 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  40.92 
 
 		 408 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  40.44 
 
 		 408 aa  236  4e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  36.82 
 
 		 460 aa  232  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  39.76 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  40.83 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  37.25 
 
 		 444 aa  229  6e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  38.11 
 
 		 403 aa  225  8e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  37.94 
 
 		 384 aa  224  2e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  35.61 
 
 		 483 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.59 
 
 		 1016 aa  220  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  37.09 
 
 		 478 aa  216  4e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  37.95 
 
 		 435 aa  216  5e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  37.95 
 
 		 435 aa  216  5e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  37.88 
 
 		 439 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  35.75 
 
 		 469 aa  216  8e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  35.47 
 
 		 449 aa  215  9e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  39.18 
 
 		 441 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  36.53 
 
 		 478 aa  213  5.999999999999999e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  36.69 
 
 		 433 aa  213  7e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  37.62 
 
 		 458 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.22 
 
 		 1262 aa  208  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  37.23 
 
 		 441 aa  206  5e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1360  Rh family protein/ammonium transporter  35.19 
 
 		 471 aa  204  2e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.11644  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  34.78 
 
 		 497 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  35.53 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  34.93 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  35.48 
 
 		 515 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  35.28 
 
 		 421 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  35.48 
 
 		 515 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  38.93 
 
 		 442 aa  199  7.999999999999999e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  35.73 
 
 		 1209 aa  199  7.999999999999999e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1796  ammonium transporter  36.78 
 
 		 441 aa  199  9e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  39.42 
 
 		 442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  35.9 
 
 		 446 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3305  ammonium transporter  34.56 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508137  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  37.29 
 
 		 441 aa  195  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0663  ammonium transporter  34.24 
 
 		 407 aa  195  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  36.04 
 
 		 525 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2528  ammonium transporter  35.95 
 
 		 461 aa  191  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  36.5 
 
 		 644 aa  192  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 		 1018 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2955  ammonium transporter  34.85 
 
 		 518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>