More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0742 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  100 
 
 		 400 aa  786    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  73.62 
 
 		 402 aa  582  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  72.39 
 
 		 402 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  69.98 
 
 		 403 aa  571  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  69.65 
 
 		 402 aa  566  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  71.07 
 
 		 433 aa  558  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  71.07 
 
 		 406 aa  554  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 402 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  68.32 
 
 		 405 aa  551  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  70.81 
 
 		 400 aa  553  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  71.94 
 
 		 404 aa  553  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  69.39 
 
 		 400 aa  547  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  71.89 
 
 		 402 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  69.8 
 
 		 400 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  71.79 
 
 		 395 aa  544  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  70.3 
 
 		 400 aa  541  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  69.04 
 
 		 400 aa  541  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  71.57 
 
 		 400 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  70.65 
 
 		 402 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  71.39 
 
 		 402 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  70.4 
 
 		 460 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  69.8 
 
 		 400 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  70.05 
 
 		 400 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  67.69 
 
 		 399 aa  522  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  69.09 
 
 		 397 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  70.41 
 
 		 395 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  69.29 
 
 		 400 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  71.57 
 
 		 400 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  69.61 
 
 		 397 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  70.65 
 
 		 397 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  69.61 
 
 		 397 aa  510  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  65.39 
 
 		 405 aa  510  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  69.35 
 
 		 397 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  69.35 
 
 		 397 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  69.61 
 
 		 397 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  68.38 
 
 		 400 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  62.47 
 
 		 405 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  67.01 
 
 		 400 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  62.47 
 
 		 405 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  64.08 
 
 		 417 aa  492  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  60.74 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  60.3 
 
 		 406 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  59.26 
 
 		 406 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  59.51 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  59.51 
 
 		 406 aa  464  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  60.41 
 
 		 405 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  60.25 
 
 		 400 aa  457  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  60.15 
 
 		 404 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  38.27 
 
 		 411 aa  248  1e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  38.61 
 
 		 408 aa  248  2e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  37.78 
 
 		 411 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  38.08 
 
 		 411 aa  244  3e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  41.99 
 
 		 408 aa  242  7e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  39.85 
 
 		 411 aa  242  7e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  42.61 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  39.42 
 
 		 411 aa  242  1e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  41.99 
 
 		 408 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  38.55 
 
 		 403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  37.23 
 
 		 461 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  35.25 
 
 		 1209 aa  210  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  35.71 
 
 		 468 aa  207  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  36.96 
 
 		 644 aa  203  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  34.22 
 
 		 460 aa  203  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.59 
 
 		 1016 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  35.8 
 
 		 444 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  36.06 
 
 		 441 aa  199  6e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  36.67 
 
 		 497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  36.23 
 
 		 449 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  36.45 
 
 		 445 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  35.87 
 
 		 446 aa  194  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  34.95 
 
 		 384 aa  192  1e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  34.36 
 
 		 515 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  34.36 
 
 		 515 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  36.78 
 
 		 442 aa  188  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  35.01 
 
 		 441 aa  187  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  33.74 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  32.86 
 
 		 435 aa  187  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  32.86 
 
 		 435 aa  187  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  35.25 
 
 		 483 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  32.8 
 
 		 469 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  33.41 
 
 		 478 aa  183  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  35.03 
 
 		 439 aa  183  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.58 
 
 		 1018 aa  183  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  33.26 
 
 		 478 aa  182  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  34.71 
 
 		 458 aa  182  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 		 717 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  35.24 
 
 		 482 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  34.94 
 
 		 442 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  33.74 
 
 		 489 aa  179  7e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  33.89 
 
 		 471 aa  179  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.16 
 
 		 1262 aa  179  9e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1360  Rh family protein/ammonium transporter  31.47 
 
 		 471 aa  178  1e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.11644  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  33.99 
 
 		 490 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  33.5 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  34.39 
 
 		 486 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  34.39 
 
 		 486 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  34.58 
 
 		 441 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.26 
 
 		 1264 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>