More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0637 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  100 
 
 		 402 aa  798    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  72.46 
 
 		 403 aa  603  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  70.65 
 
 		 402 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  70.93 
 
 		 402 aa  574  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  72.07 
 
 		 406 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  69.08 
 
 		 405 aa  572  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  69.65 
 
 		 400 aa  566  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  68.16 
 
 		 402 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  68.91 
 
 		 402 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  68.16 
 
 		 402 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  68.91 
 
 		 402 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  68.11 
 
 		 400 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  69.4 
 
 		 402 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  68.66 
 
 		 460 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  67.34 
 
 		 433 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  67.01 
 
 		 395 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  68.66 
 
 		 402 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  68.1 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  66.33 
 
 		 400 aa  531  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  66.33 
 
 		 397 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  66.92 
 
 		 400 aa  528  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  65.23 
 
 		 404 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  65.39 
 
 		 399 aa  526  1e-148  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  68.1 
 
 		 400 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  68.62 
 
 		 400 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  66.24 
 
 		 400 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  68.56 
 
 		 400 aa  518  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  67.01 
 
 		 400 aa  519  1e-146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  67.27 
 
 		 400 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  65.57 
 
 		 405 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  65.82 
 
 		 397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  67.53 
 
 		 400 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  66.93 
 
 		 397 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  66.41 
 
 		 397 aa  511  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  69.54 
 
 		 400 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  66.24 
 
 		 395 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  67.18 
 
 		 397 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  66.67 
 
 		 397 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  63.66 
 
 		 417 aa  510  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  66.41 
 
 		 397 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  64.52 
 
 		 405 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  64.52 
 
 		 405 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  58.9 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  58.91 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  58.46 
 
 		 406 aa  462  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  59.31 
 
 		 406 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  58.65 
 
 		 406 aa  464  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  59.39 
 
 		 400 aa  462  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  57.89 
 
 		 405 aa  456  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  58.38 
 
 		 404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  41.98 
 
 		 411 aa  276  5e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  41.42 
 
 		 411 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  42.65 
 
 		 411 aa  272  8.000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  40.73 
 
 		 411 aa  262  6e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  39.66 
 
 		 408 aa  259  7e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  40.73 
 
 		 411 aa  258  1e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  42.34 
 
 		 408 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  42.23 
 
 		 408 aa  252  1e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  41.87 
 
 		 408 aa  250  3e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  40.34 
 
 		 403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  37.23 
 
 		 461 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  37.62 
 
 		 460 aa  222  8e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  38.19 
 
 		 468 aa  219  5e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  36.71 
 
 		 449 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  38.21 
 
 		 444 aa  212  9e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  37.38 
 
 		 458 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  36.98 
 
 		 445 aa  207  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  37.41 
 
 		 446 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  36.32 
 
 		 384 aa  204  3e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  35.4 
 
 		 483 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  34.41 
 
 		 435 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  34.41 
 
 		 435 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  34.78 
 
 		 469 aa  197  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  35.15 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  33.98 
 
 		 433 aa  193  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  36.47 
 
 		 441 aa  193  6e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  34.95 
 
 		 478 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  35.47 
 
 		 422 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1360  Rh family protein/ammonium transporter  34.29 
 
 		 471 aa  189  7e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.11644  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  34.95 
 
 		 478 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  34.63 
 
 		 482 aa  186  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.95 
 
 		 1016 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  34.8 
 
 		 515 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  34.8 
 
 		 515 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  35.19 
 
 		 471 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  34.24 
 
 		 439 aa  184  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  35.15 
 
 		 441 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  35.61 
 
 		 525 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.5 
 
 		 1018 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3305  ammonium transporter  34.07 
 
 		 408 aa  180  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508137  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2955  ammonium transporter  34.03 
 
 		 518 aa  179  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  33.92 
 
 		 644 aa  179  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  34.47 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1639  ammonium transporter  35.05 
 
 		 489 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.294546  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  35.25 
 
 		 442 aa  177  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  32.76 
 
 		 490 aa  177  4e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  32.43 
 
 		 1209 aa  176  7e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 1264 aa  176  7e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  32.67 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  32.69 
 
 		 486 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>