More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2885 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2885  threonine dehydratase  100 
 
 		 408 aa  840    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2649  threonine dehydratase  65.78 
 
 		 415 aa  555  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384184  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3473  threonine dehydratase  67.07 
 
 		 413 aa  550  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2872  threonine dehydratase  65.78 
 
 		 415 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0069  threonine dehydratase  64.82 
 
 		 425 aa  516  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0497  threonine dehydratase  62.71 
 
 		 412 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1421  threonine dehydratase  58.7 
 
 		 416 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.163936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1597  threonine dehydratase  58.45 
 
 		 416 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1421  threonine dehydratase  55.74 
 
 		 418 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2496  threonine dehydratase  57 
 
 		 416 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2138  threonine dehydratase  57.92 
 
 		 404 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134573  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1373  threonine dehydratase  57.49 
 
 		 415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.293609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1051  threonine dehydratase  56.47 
 
 		 408 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  47.77 
 
 		 437 aa  384  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  46.78 
 
 		 424 aa  372  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2586  threonine dehydratase  46.67 
 
 		 423 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1924  threonine dehydratase  45.68 
 
 		 418 aa  355  7.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.18848 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1584  threonine dehydratase  44.2 
 
 		 423 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000192202  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3429  threonine dehydratase  45.67 
 
 		 414 aa  349  5e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1003  threonine dehydratase  47.65 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000180707  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1447  threonine dehydratase  44.75 
 
 		 420 aa  344  1e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.102012  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  43.14 
 
 		 416 aa  343  4e-93  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0207  threonine dehydratase  45.7 
 
 		 417 aa  342  5.999999999999999e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.743281 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3487  threonine dehydratase  43.95 
 
 		 420 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1718  threonine dehydratase  44.2 
 
 		 420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1906  threonine dehydratase  44.25 
 
 		 414 aa  337  1.9999999999999998e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1854  threonine dehydratase  44.2 
 
 		 420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1855  threonine dehydratase  43.95 
 
 		 420 aa  335  7e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1892  threonine dehydratase  43.95 
 
 		 420 aa  335  7e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1695  threonine dehydratase  43.95 
 
 		 420 aa  335  1e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1970  threonine dehydratase  44.2 
 
 		 420 aa  334  1e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1670  threonine dehydratase  43.95 
 
 		 420 aa  334  2e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1938  threonine dehydratase  43.46 
 
 		 412 aa  331  1e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1673  threonine dehydratase  43.42 
 
 		 422 aa  330  2e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1711  threonine dehydratase  43.21 
 
 		 420 aa  330  2e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.323416  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2135  threonine dehydratase  43.42 
 
 		 422 aa  309  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2098  threonine dehydratase  43.42 
 
 		 422 aa  309  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5343  threonine dehydratase  45.04 
 
 		 420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3103  threonine dehydratase  44.02 
 
 		 426 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.832581 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3083  threonine dehydratase  44.02 
 
 		 426 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.490718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3143  threonine dehydratase  44.02 
 
 		 426 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449239  normal  0.1577 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2783  threonine dehydratase  45.24 
 
 		 429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.642474  normal  0.420783 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3634  threonine dehydratase  45.5 
 
 		 429 aa  289  8e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2990  threonine dehydratase  43.94 
 
 		 457 aa  272  6e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1956  threonine dehydratase  39.78 
 
 		 421 aa  269  8e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1991  threonine dehydratase  44.5 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.845373  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11591  threonine dehydratase  44.88 
 
 		 429 aa  262  6e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  8.032479999999999e-51  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23350  threonine dehydratase  42.79 
 
 		 423 aa  256  6e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.324604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  38.92 
 
 		 514 aa  255  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09210  threonine dehydratase  38.59 
 
 		 437 aa  251  1e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 504 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 504 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3353  threonine dehydratase  38.93 
 
 		 431 aa  249  8e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0223363  normal  0.0333658 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  36.32 
 
 		 511 aa  242  7e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  37.78 
 
 		 501 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6064  threonine dehydratase  37.69 
 
 		 507 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5056  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 504 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.381788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5202  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 504 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5149  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 504 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.436778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  38.19 
 
 		 515 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0316  threonine dehydratase  39.24 
 
 		 504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.167113 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  36.56 
 
 		 517 aa  233  5e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  39.75 
 
 		 504 aa  232  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  36.57 
 
 		 509 aa  232  8.000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  36.32 
 
 		 517 aa  232  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  37.19 
 
 		 515 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  35.16 
 
 		 514 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  36.82 
 
 		 507 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  36.82 
 
 		 507 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4221  threonine dehydratase  38.48 
 
 		 504 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1820  threonine dehydratase, biosynthetic  37.78 
 
 		 505 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  37.06 
 
 		 507 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1672  threonine dehydratase  37.63 
 
 		 511 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4846  threonine dehydratase  37.63 
 
 		 504 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  35.96 
 
 		 507 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  36.66 
 
 		 520 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  34.91 
 
 		 511 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  34.91 
 
 		 511 aa  226  7e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  33.92 
 
 		 513 aa  226  8e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5381  threonine dehydratase  37.47 
 
 		 504 aa  225  9e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  36.02 
 
 		 526 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49047  l-threonine ammonia-lyase  35.7 
 
 		 606 aa  223  3e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.866709  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3806  threonine dehydratase, biosynthetic  36.96 
 
 		 507 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.276753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5288  threonine dehydratase, biosynthetic  36.96 
 
 		 514 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1280  threonine dehydratase  36.99 
 
 		 505 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  35.62 
 
 		 506 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  35.62 
 
 		 506 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0020  L-threonine ammonia-lyase  35.42 
 
 		 504 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381683  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0840  threonine dehydratase  36.52 
 
 		 507 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  35.01 
 
 		 501 aa  217  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0449  threonine dehydratase  34.15 
 
 		 507 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1725  threonine dehydratase  36.39 
 
 		 535 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2766  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417211  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0181  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0677  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2392  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0662  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2312  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.345291  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0549  threonine dehydratase  36.03 
 
 		 507 aa  216  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  35.93 
 
 		 510 aa  216  8e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>