181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0439 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0439  phenylacetic acid degradation protein PaaD  100 
 
 		 143 aa  295  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.778856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3825  phenylacetic acid degradation protein PaaD  68.79 
 
 		 141 aa  211  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.17422  normal  0.478257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0657  phenylacetic acid degradation protein PaaD  66.67 
 
 		 143 aa  192  9e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4800  phenylacetic acid degradation protein PaaD  59.15 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283675  normal  0.204675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0937  phenylacetic acid degradation protein PaaD  55.63 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1830  phenylacetic acid degradation protein PaaD  57.45 
 
 		 150 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.307923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1924  phenylacetic acid degradation protein PaaD  57.75 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.082152  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3635  phenylacetic acid degradation protein PaaD  55.07 
 
 		 157 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.182413  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2871  phenylacetic acid degradation protein  54.23 
 
 		 152 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165217  normal  0.133325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0902  phenylacetic acid degradation protein PaaD  52.9 
 
 		 165 aa  144  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0682  phenylacetic acid degradation protein PaaD  52.52 
 
 		 158 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.977653 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1371  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50.71 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.154408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3366  phenylacetic acid degradation protein PaaD  54.81 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2874  phenylacetic acid degradation protein  50 
 
 		 155 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00122895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2751  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00224854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1237  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50.74 
 
 		 147 aa  131  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0478  phenylacetic acid degradation protein PaaD  49.29 
 
 		 153 aa  130  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3116  phenylacetic acid degradation protein PaaD  48.55 
 
 		 153 aa  130  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00121794  normal  0.101093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1510  phenylacetic acid degradation protein PaaD  48.53 
 
 		 155 aa  130  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.269892  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0373  phenylacetic acid degradation-related protein:phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.99 
 
 		 156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000506078  hitchhiker  0.00000423415 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0985  phenylacetic acid degradation protein  48.89 
 
 		 150 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2481  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50.38 
 
 		 160 aa  128  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000323431  hitchhiker  0.00762361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3164  phenylacetic acid degradation protein PaaD  48.25 
 
 		 146 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000726933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0569  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.41 
 
 		 155 aa  127  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2692  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.52 
 
 		 153 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250107  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3281  phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.39 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3016  phenylacetic acid degradation-related protein:phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.55 
 
 		 178 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2615  phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.39 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.518393  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3489  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.83 
 
 		 153 aa  124  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00562362  hitchhiker  0.000228083 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1660  phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.65 
 
 		 164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.388826  normal  0.270829 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3943  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.545833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2478  phenylacetic acid degradation protein PaaD  44.68 
 
 		 146 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0467  phenylacetic acid degradation- related thioesterase (PaaI)  46.43 
 
 		 153 aa  122  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5525  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50 
 
 		 148 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717257  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2628  phenylacetic acid degradation protein PaaD  44.29 
 
 		 151 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.45641  normal  0.0525731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0445  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.48 
 
 		 150 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0751  phenylacetic acid degradation protein PaaD  50 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117185  normal  0.261303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2854  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.48 
 
 		 152 aa  120  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0283833  normal  0.621321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2903  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.76 
 
 		 154 aa  120  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00325077  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2565  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.18 
 
 		 150 aa  120  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0540  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.18 
 
 		 150 aa  120  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460721  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3567  phenylacetic acid degradation protein PaaI  46.04 
 
 		 251 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.060136  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3549  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.04 
 
 		 158 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0916225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3576  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.04 
 
 		 158 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0470  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.48 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0904963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3627  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.48 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0218071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0512  phenylacetic acid degradation protein PaaD  47.18 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245476  normal  0.787837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3098  phenylacetic acid degradation protein PaaD  44.53 
 
 		 154 aa  114  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2404  phenylacetic acid degradation protein PaaD  43.8 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.671288 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2696  phenylacetic acid degradation protein PaaD  46.27 
 
 		 160 aa  108  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.165626  hitchhiker  0.00035972 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0658  phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.31 
 
 		 146 aa  107  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2249  phenylacetic acid degradation protein PaaD  41.91 
 
 		 140 aa  105  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0320405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2259  phenylacetic acid degradation protein PaaD  41.91 
 
 		 140 aa  105  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.059519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5041  phenylacetic acid degradation protein PaaD  42.55 
 
 		 153 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1483  phenylacetic acid degradation protein PaaD  41.91 
 
 		 140 aa  105  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1581  phenylacetic acid degradation protein PaaD  41.91 
 
 		 140 aa  105  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2476  phenylacetic acid degradation protein PaaD  45.31 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3080  phenylacetic acid degradation protein PaaD  44.96 
 
 		 146 aa  103  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0539.1  hypothetical protein  51.49 
 
 		 159 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0622463  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0934  hypothetical protein  51.49 
 
 		 104 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.431465  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1553  thioesterase superfamily protein  40.3 
 
 		 146 aa  99.8  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0637  hypothetical protein  50.5 
 
 		 104 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0764989  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4483  phenylacetic acid degradation protein PaaD  44.83 
 
 		 143 aa  99.4  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26560  phenylacetic acid degradation protein PaaD  42.64 
 
 		 142 aa  99.4  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.190774 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20340  phenylacetic acid degradation protein PaaD  37.12 
 
 		 138 aa  97.1  8e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2152  thioesterase superfamily protein  42.59 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0223  thioesterase superfamily protein  42.52 
 
 		 158 aa  90.5  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.103741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2608  phenylacetic acid degradation-related protein  41.41 
 
 		 148 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3047  phenylacetic acid degradation protein PaaD  37.41 
 
 		 156 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2652  hypothetical protein  41.41 
 
 		 148 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2638  hypothetical protein  41.41 
 
 		 148 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0402  phenylacetic acid degradation protein PaaD  40.52 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.925599  decreased coverage  0.0065275 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0386  thioesterase superfamily protein  40.35 
 
 		 130 aa  84.3  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3246  hypothetical protein  33.12 
 
 		 172 aa  80.1  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1470  hypothetical protein  42.98 
 
 		 133 aa  80.1  0.000000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.966701  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21410  phenylacetic acid degradation protein PaaD  36.43 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1848  phenylacetic acid degradation-related protein  36.84 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0467  thioesterase superfamily protein  39.09 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.492542  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1384  thioesterase superfamily protein  31.71 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487893 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0286  hypothetical protein  38.18 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01900  hypothetical protein  39.09 
 
 		 199 aa  74.3  0.0000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1701  thioesterase superfamily protein  38.21 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000649367  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1977  thioesterase superfamily protein  37.62 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2248  thioesterase superfamily protein  39.47 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0432  thioesterase superfamily protein  37.14 
 
 		 121 aa  70.1  0.000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1555  phenylacetic acid degradation-related protein  36.84 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000594632  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_808  thioesterase  33.64 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0821  thioesterase superfamily protein  32.73 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2154  thioesterase superfamily protein  38.05 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.770141  normal  0.098751 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1324  phenylacetic acid degradation protein PaaD  34.51 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0859981 
 
 
-
 
NC_002936  DET0937  thioesterase family protein  33.64 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0346835  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2320  phenylacetic acid degradation protein PaaD  38.68 
 
 		 125 aa  67  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2351  hypothetical protein  41.53 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00694587  normal  0.0126121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1645  phenylacetic acid degradation protein  30.51 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05295  hypothetical protein  31.97 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.702585  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0232  hypothetical protein  35.64 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000358883  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1737  thioesterase superfamily protein  36.36 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000190297  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0273  thioesterase superfamily protein  33.66 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0676249  normal  0.122372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0152  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.149179  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1448  hypothetical protein  31.54 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.043674  normal  0.0181319 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>