59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1907 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1907  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 575 aa  1168    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0071  TPR repeat-containing protein  61 
 
 		 617 aa  727    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0689126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 		 600 aa  134  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2664  putative PAS/PAC sensor protein  49.46 
 
 		 695 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.228466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  42.53 
 
 		 1127 aa  89.7  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2746  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.1 
 
 		 1096 aa  89.7  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  39.29 
 
 		 1128 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  38.1 
 
 		 1111 aa  81.3  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.69 
 
 		 1177 aa  77  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  29.29 
 
 		 2413 aa  61.2  0.00000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.57 
 
 		 991 aa  60.5  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  44.44 
 
 		 2145 aa  58.9  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  28.68 
 
 		 1550 aa  57.8  0.0000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  31.43 
 
 		 1147 aa  57.4  0.0000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  27.59 
 
 		 809 aa  55.5  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  34.23 
 
 		 1404 aa  55.5  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.3 
 
 		 760 aa  55.1  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 		 1526 aa  53.9  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  30.77 
 
 		 828 aa  53.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  27.66 
 
 		 1238 aa  53.5  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1313 aa  53.1  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4077  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1298 aa  53.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0416  TPR repeat-containing protein  31.91 
 
 		 481 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.80889 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3462  TPR repeat-containing protein  35.96 
 
 		 791 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.73 
 
 		 1279 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  31.68 
 
 		 1266 aa  51.2  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0229  tetratricopeptide TPR_3  33.64 
 
 		 689 aa  51.2  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  26.32 
 
 		 782 aa  50.8  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  21.78 
 
 		 755 aa  50.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1060 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25 
 
 		 852 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 		 1025 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1804  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.64 
 
 		 1186 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4825  tetratricopeptide TPR_3  23.48 
 
 		 1009 aa  48.5  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  19.23 
 
 		 957 aa  48.5  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0820  hypothetical protein  31.43 
 
 		 1212 aa  48.5  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.826533 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.42 
 
 		 636 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 		 1101 aa  47.8  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  28.28 
 
 		 650 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  32.08 
 
 		 949 aa  47  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2979  TPR repeat-containing protein  29.05 
 
 		 1054 aa  45.8  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.864707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0414  hypothetical protein  28.46 
 
 		 490 aa  45.8  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0243225  normal  0.732046 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  24.24 
 
 		 941 aa  45.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1102  tetratricopeptide TPR_2  27.91 
 
 		 1507 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0461  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.32 
 
 		 1195 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0269  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 729 aa  45.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3010  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 		 421 aa  45.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122789  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4797  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  30.88 
 
 		 1468 aa  45.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  26.61 
 
 		 650 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  25.6 
 
 		 1063 aa  44.7  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  21.39 
 
 		 1261 aa  45.1  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 412 aa  44.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2040  TPR repeat-containing protein  27.72 
 
 		 924 aa  44.3  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.962873  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  25.53 
 
 		 732 aa  44.7  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3586  adenylate/guanylate cyclase  26.86 
 
 		 1123 aa  44.3  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0258664  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1916  TPR repeat-containing protein  21.43 
 
 		 1172 aa  44.3  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.506674  normal  0.439815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0765  tetratricopeptide TPR_2  27.96 
 
 		 1180 aa  44.3  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.82828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_54602  predicted protein  29.29 
 
 		 740 aa  43.5  0.01  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  27.1 
 
 		 991 aa  43.5  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>