76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0071 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1907  TPR repeat-containing protein  61 
 
 		 575 aa  727    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0071  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 617 aa  1267    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0689126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2664  putative PAS/PAC sensor protein  42.86 
 
 		 695 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.228466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  39.39 
 
 		 600 aa  93.6  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  44.9 
 
 		 1127 aa  93.6  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  34.69 
 
 		 1128 aa  83.6  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2746  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.42 
 
 		 1096 aa  83.2  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  33.67 
 
 		 1111 aa  82  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.67 
 
 		 1177 aa  81.3  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  38.83 
 
 		 2145 aa  62.8  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2301  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.76 
 
 		 806 aa  62  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.27 
 
 		 1279 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  30.12 
 
 		 1550 aa  59.7  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  25.9 
 
 		 809 aa  58.5  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.79 
 
 		 991 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  26.89 
 
 		 828 aa  57.4  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5265  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 284 aa  56.6  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.487256  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  23.05 
 
 		 412 aa  57  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  23.99 
 
 		 949 aa  56.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1804  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.07 
 
 		 1186 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  26.15 
 
 		 782 aa  54.7  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1366  hypothetical protein  26.98 
 
 		 825 aa  54.7  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42809  predicted protein  24.68 
 
 		 323 aa  53.9  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.767843  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  30.23 
 
 		 1147 aa  53.9  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  25.82 
 
 		 957 aa  53.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0820  hypothetical protein  35.19 
 
 		 1212 aa  53.1  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.826533 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2040  TPR repeat-containing protein  31.68 
 
 		 924 aa  53.5  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.962873  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2533  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 798 aa  53.5  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.617329  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5149  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 1105 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000182587  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  23.89 
 
 		 438 aa  53.1  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 		 760 aa  52.4  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  25.98 
 
 		 650 aa  52  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  28.24 
 
 		 1238 aa  51.6  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0416  TPR repeat-containing protein  27.57 
 
 		 481 aa  51.6  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.80889 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  31.43 
 
 		 2413 aa  50.8  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1025 aa  50.8  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1300  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.88 
 
 		 771 aa  50.8  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 		 1060 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  26.67 
 
 		 1266 aa  50.4  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1916  TPR repeat-containing protein  21.14 
 
 		 1172 aa  49.7  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.506674  normal  0.439815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0765  tetratricopeptide TPR_2  27.11 
 
 		 1180 aa  50.4  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.82828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  30.21 
 
 		 1298 aa  49.3  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.38 
 
 		 852 aa  48.5  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0461  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.7 
 
 		 1195 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 775 aa  48.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  23.86 
 
 		 941 aa  48.5  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1773  NB-ARC domain protein  26.44 
 
 		 672 aa  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  30.36 
 
 		 755 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  26.6 
 
 		 850 aa  47.8  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1261 aa  47.4  0.0007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4797  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.4 
 
 		 1468 aa  47.4  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4077  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 		 1298 aa  46.6  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  22.53 
 
 		 913 aa  47  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6656  serine/threonine protein kinase  28.89 
 
 		 979 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.38837  normal  0.794447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  29.14 
 
 		 667 aa  46.2  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0448  TPR repeat-containing protein  32.53 
 
 		 124 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.029451 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2652  hypothetical protein  35.23 
 
 		 919 aa  46.2  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00496775  normal  0.0664064 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3228  TPR repeat-containing protein  40.54 
 
 		 726 aa  46.2  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0238  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.26 
 
 		 787 aa  45.8  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.463685  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2255  signal transduction histidine kinase  23.94 
 
 		 648 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.56353  normal  0.716596 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0166  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 454 aa  45.4  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0362369  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03547  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 1288 aa  45.1  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.204102  normal  0.74316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1101 aa  45.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0044  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  31.43 
 
 		 1360 aa  45.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0143745  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3462  TPR repeat-containing protein  32.95 
 
 		 791 aa  44.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  25.53 
 
 		 650 aa  44.7  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2876  NB-ARC domain protein  26 
 
 		 822 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  25.76 
 
 		 718 aa  44.3  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3796  tetratricopeptide TPR_2  27.44 
 
 		 1040 aa  44.3  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  25.65 
 
 		 1404 aa  44.7  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 659 aa  44.3  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0269  TPR repeat-containing protein  25.53 
 
 		 729 aa  44.3  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3313  TPR repeat-containing protein  27.7 
 
 		 272 aa  44.3  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000795793  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5267  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 		 640 aa  43.9  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.433566  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  23.93 
 
 		 1526 aa  43.9  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0414  hypothetical protein  31.03 
 
 		 490 aa  43.5  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0243225  normal  0.732046 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>