More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2006 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2006  peptide deformylase  100 
 
 		 163 aa  328  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0958745  hitchhiker  0.000967888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2597  peptide deformylase  87.65 
 
 		 163 aa  293  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2387  peptide deformylase  81.6 
 
 		 163 aa  275  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2023  peptide deformylase  80.86 
 
 		 163 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000549527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2302  peptide deformylase  80.86 
 
 		 163 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0456744  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2071  peptide deformylase  80.86 
 
 		 163 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.0359728 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2315  peptide deformylase  80.86 
 
 		 163 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000721135  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1795  peptide deformylase  80.25 
 
 		 163 aa  262  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.591266  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2319  peptide deformylase  77.78 
 
 		 163 aa  258  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000135964  normal  0.850535 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2530  peptide deformylase  77.16 
 
 		 163 aa  258  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2142  peptide deformylase  77.16 
 
 		 163 aa  258  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.644494 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2219  peptide deformylase  77.16 
 
 		 163 aa  258  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.025374  normal  0.833863 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2103  peptide deformylase  77.3 
 
 		 163 aa  257  4e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.614546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000249  peptide deformylase  56.79 
 
 		 168 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1128  peptide deformylase  58.64 
 
 		 168 aa  193  7e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000081593  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0407  peptide deformylase  57.76 
 
 		 166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447377  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0898  peptide deformylase  59.09 
 
 		 167 aa  185  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  58.02 
 
 		 170 aa  179  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  57.41 
 
 		 169 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  57.41 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  57.41 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  57.41 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  58.02 
 
 		 170 aa  175  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  56.79 
 
 		 169 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  56.79 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  52.47 
 
 		 169 aa  174  5e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  58.02 
 
 		 169 aa  174  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  54.94 
 
 		 169 aa  169  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  53.7 
 
 		 168 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  56.17 
 
 		 170 aa  169  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  53.7 
 
 		 168 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  53.7 
 
 		 168 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0024  peptide deformylase  51.85 
 
 		 170 aa  168  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  52.47 
 
 		 168 aa  167  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  53.05 
 
 		 172 aa  167  8e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  50.61 
 
 		 178 aa  166  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  51.85 
 
 		 169 aa  166  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0032  peptide deformylase  52.47 
 
 		 170 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0031  peptide deformylase  52.47 
 
 		 170 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000164435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0027  peptide deformylase  52.47 
 
 		 170 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  52.44 
 
 		 169 aa  165  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0031  peptide deformylase  52.47 
 
 		 170 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  51.83 
 
 		 172 aa  164  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  50.62 
 
 		 167 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  48.15 
 
 		 169 aa  164  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0075  peptide deformylase  53.9 
 
 		 169 aa  163  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  50.62 
 
 		 170 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  51.23 
 
 		 199 aa  161  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  49.08 
 
 		 178 aa  161  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0024  peptide deformylase  51.23 
 
 		 188 aa  159  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0024  peptide deformylase  50 
 
 		 170 aa  159  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  47.53 
 
 		 177 aa  157  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  52.44 
 
 		 170 aa  157  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0041  peptide deformylase  51.22 
 
 		 170 aa  156  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  50.31 
 
 		 171 aa  154  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  51.3 
 
 		 177 aa  154  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  48.15 
 
 		 169 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  47.56 
 
 		 170 aa  153  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  47.56 
 
 		 170 aa  153  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  54.19 
 
 		 170 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  54.19 
 
 		 170 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  47.27 
 
 		 181 aa  151  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  50.62 
 
 		 178 aa  150  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  46.34 
 
 		 185 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  48.78 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  53.9 
 
 		 169 aa  148  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  46.63 
 
 		 168 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  46.01 
 
 		 168 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  47.53 
 
 		 167 aa  147  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  46.01 
 
 		 168 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0035  peptide deformylase  46.3 
 
 		 170 aa  147  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  47.1 
 
 		 170 aa  147  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  46.63 
 
 		 168 aa  147  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  46.63 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  48.78 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  46.71 
 
 		 170 aa  145  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  48.78 
 
 		 168 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  46.01 
 
 		 168 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  48.78 
 
 		 176 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  48.78 
 
 		 168 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  47.85 
 
 		 168 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  48.47 
 
 		 169 aa  144  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  46.95 
 
 		 172 aa  144  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  46.11 
 
 		 170 aa  144  7.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  46.71 
 
 		 170 aa  143  8.000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  47.27 
 
 		 184 aa  144  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  46.06 
 
 		 185 aa  143  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>