More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1679 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1679  putative dipeptide ABC transporter  100 
 
 		 196 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3640  ABC transporter related  60.31 
 
 		 198 aa  241  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1129  ABC transporter related  47.13 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3551  nickel ABC transporter ATP-binding protein  47.13 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00474231  normal  0.0402539 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1075  nickel ABC transporter, ATP-binding protein  47.13 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1325  ATPase  42.42 
 
 		 200 aa  145  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.525584  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0328  ABC transporter related  39.3 
 
 		 204 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0191  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  41.15 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1469  ABC transporter related protein  38.46 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1864  ABC transporter related  37.24 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0039  ABC transporter related  39.27 
 
 		 202 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.118925  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2102  ABC transporter ATP-binding protein  42.35 
 
 		 196 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000123245 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1365  ATP-binding protein of ABC transport system  42.35 
 
 		 196 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290603  hitchhiker  0.00148941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1349  ATP-binding protein of ABC transport system  42.35 
 
 		 196 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000774102  normal  0.444548 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3070  ABC transporter related  40.5 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.024747  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1341  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  38.97 
 
 		 203 aa  131  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1921  ATP-binding protein of ABC transport system  42.35 
 
 		 196 aa  131  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1275  ABC transporter related  38.07 
 
 		 199 aa  131  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1380  ABC transporter ATP-binding protein  42.35 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.397211 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2554  ABC transporter related  36.55 
 
 		 212 aa  128  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0272018  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0015  ABC transporter-like  41.24 
 
 		 205 aa  128  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.794177  normal  0.0136608 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0212  ABC transporter-like  40.68 
 
 		 209 aa  122  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2199  ABC transporter related  35 
 
 		 200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0438677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26290  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  34.74 
 
 		 566 aa  104  8e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.152268 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0306  ABC transporter-like protein  33.5 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0541  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  32.29 
 
 		 335 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.517893 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0213  ABC transporter related  33.02 
 
 		 254 aa  101  5e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000665889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4496  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.25 
 
 		 618 aa  101  9e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0189  ABC transporter-related protein  34.74 
 
 		 257 aa  100  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2086  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.33 
 
 		 333 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.787824  normal  0.913177 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1763  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.33 
 
 		 333 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.113914  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4496  ABC transporter related protein  32.49 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.508797  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5354  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  33.51 
 
 		 324 aa  99.4  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0154  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal  36.18 
 
 		 613 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225579  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0252  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.68 
 
 		 613 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0193  ABC transporter related  31.63 
 
 		 239 aa  98.6  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.58083  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1885  oligopeptide ATP-binding ABC transporter protein  33.33 
 
 		 333 aa  98.6  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0166615  normal  0.740268 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4696  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.16 
 
 		 334 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3841  nickel transporter ATP-binding protein NikE  34.54 
 
 		 268 aa  98.2  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0034  ABC transporter related  30.24 
 
 		 256 aa  98.2  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0458238  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5301  ABC transporter related  32.51 
 
 		 551 aa  97.8  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347719 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03329  nickel transporter subunit  35.57 
 
 		 268 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0189  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  33.16 
 
 		 257 aa  97.1  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3964  nickel transporter ATP-binding protein NikE  35.57 
 
 		 268 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0188  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  33.16 
 
 		 257 aa  97.1  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5438  ABC transporter related  32.85 
 
 		 247 aa  97.1  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.62538  hitchhiker  0.00360775 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03282  hypothetical protein  35.57 
 
 		 268 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3679  nickel transporter ATP-binding protein NikE  35.57 
 
 		 268 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0060  ABC transporter related protein  32.29 
 
 		 534 aa  97.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.721414  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3764  nickel transporter ATP-binding protein NikE  35.57 
 
 		 268 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5661  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  32.64 
 
 		 553 aa  97.1  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.755522  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0236  nickel transporter ATP-binding protein NikE  35.57 
 
 		 268 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0956  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.05 
 
 		 339 aa  97.4  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.960319  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5413  ABC transporter related  31.89 
 
 		 557 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.5929 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5040  ABC transporter related  29.81 
 
 		 557 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2541  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal  34.87 
 
 		 337 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000886627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1469  ABC transporter related  30.92 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0083934  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5003  ABC transporter related  32.49 
 
 		 551 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.185107 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1440  ABC transporter related  30.92 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.926008  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0024  ABC transporter related protein  30.81 
 
 		 254 aa  96.7  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000767046  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5591  ABC transporter related  33.5 
 
 		 551 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.395056 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4820  nickel transporter ATP-binding protein NikE  34.02 
 
 		 268 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5111  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  33.68 
 
 		 257 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0235  nickel import ATP-binding protein NikE  34.87 
 
 		 268 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0208  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.63 
 
 		 257 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0176  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.63 
 
 		 257 aa  96.3  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0213  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  33.68 
 
 		 257 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0232  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.63 
 
 		 257 aa  95.9  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0965  ABC transporter related  28.7 
 
 		 686 aa  95.9  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.346759 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4958  ABC transporter related  32.63 
 
 		 553 aa  95.5  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129875 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4797  ABC transporter related  35.11 
 
 		 565 aa  95.5  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  30.48 
 
 		 337 aa  95.5  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0208  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.63 
 
 		 257 aa  95.5  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0579  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.19 
 
 		 600 aa  95.1  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5134  putative peptide ABC transporter ATP-binding protein, oppF-like protein  36.7 
 
 		 262 aa  94.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03970  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  35.36 
 
 		 228 aa  94.7  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.153637 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0046  ABC transporter related protein  34.03 
 
 		 306 aa  94.7  8e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0867607  normal  0.238572 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0179  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.11 
 
 		 257 aa  94.4  9e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5169  ABC transporter related  34.78 
 
 		 247 aa  94.4  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.309766 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7648  ABC transporter related  33.7 
 
 		 252 aa  94  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3071  ABC transporter related  28.3 
 
 		 613 aa  94  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0580888 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  31.77 
 
 		 388 aa  94  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1540  ABC transporter related  35.23 
 
 		 603 aa  94  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.798313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2851  ABC transporter related  31.79 
 
 		 310 aa  94  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.148442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0938  ABC transporter related  28.26 
 
 		 686 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3434  ABC transporter related  36.51 
 
 		 536 aa  94  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.560851 
 
 
-
 
NC_002620  TC0061  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.81 
 
 		 290 aa  93.2  2e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.294257  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1611  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  31.48 
 
 		 232 aa  93.6  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2917  ABC transporter related  37.11 
 
 		 557 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3696  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  29.47 
 
 		 447 aa  93.6  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5079  ABC transporter related  31.47 
 
 		 307 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377061  hitchhiker  0.00966966 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2108  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  34.22 
 
 		 600 aa  93.6  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6305  ABC transporter related  32.96 
 
 		 260 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1033  ABC transporter related  35.61 
 
 		 248 aa  93.2  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2060  ABC transporter related  31.16 
 
 		 228 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.558102 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3482  ABC transporter related  33.16 
 
 		 563 aa  93.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0173  ABC transporter related  33.16 
 
 		 257 aa  93.2  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2181  ABC transporter related  29.3 
 
 		 543 aa  92.8  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531002  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3035  ABC transporter, ATP-binding protein  32.86 
 
 		 215 aa  92.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6192  ABC transporter related  32.98 
 
 		 570 aa  92.8  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.512255  normal  0.802988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>