More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3841 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3841  nickel transporter ATP-binding protein NikE  100 
 
 		 268 aa  542  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03329  nickel transporter subunit  97.76 
 
 		 268 aa  530  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3764  nickel transporter ATP-binding protein NikE  98.13 
 
 		 268 aa  532  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0236  nickel transporter ATP-binding protein NikE  98.13 
 
 		 268 aa  531  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3964  nickel transporter ATP-binding protein NikE  98.13 
 
 		 268 aa  531  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3679  nickel transporter ATP-binding protein NikE  98.13 
 
 		 268 aa  532  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03282  hypothetical protein  97.76 
 
 		 268 aa  530  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4820  nickel transporter ATP-binding protein NikE  97.76 
 
 		 268 aa  532  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0235  nickel import ATP-binding protein NikE  97.01 
 
 		 268 aa  529  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1838  nickel transporter ATP-binding protein NikE  79.4 
 
 		 268 aa  424  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  hitchhiker  0.00699569 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0800  nickel transporter ATP-binding protein NikE  53.26 
 
 		 266 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306666  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0750  nickel transporter ATP-binding protein NikE  53.26 
 
 		 266 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7618  nickel transporter ATP-binding protein NikE  54.83 
 
 		 264 aa  278  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2273  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.25 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215023  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6072  ABC transporter related  48.84 
 
 		 263 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3346  nickel transporter ATP-binding protein NikE  45.11 
 
 		 273 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3009  nickel transporter ATP-binding protein NikE  45.15 
 
 		 273 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.208054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1324  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  43.31 
 
 		 517 aa  204  1e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000609088  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3644  ABC transporter related  45.26 
 
 		 265 aa  198  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2398  ABC transporter related  39.71 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3173  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  41.76 
 
 		 338 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3738  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.14 
 
 		 680 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.31873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2683  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  44.59 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1954  ABC transporter related  45.92 
 
 		 283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.212998  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0943  ABC transporter related protein  38.08 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4353  ABC transporter related  42.86 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.762556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0235  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.42 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  40.23 
 
 		 354 aa  193  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0202  hypothetical protein  42.53 
 
 		 332 aa  192  4e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0211  hypothetical protein  42.53 
 
 		 332 aa  192  4e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5077  ABC transporter related  44.87 
 
 		 549 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02945  hypothetical protein  38.15 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0403  ABC transporter related  41.63 
 
 		 550 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0347  ABC transporter related  39.48 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2960  ABC transporter related  45.33 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002963  oligopeptide transport ATP-binding protein OppF  37.41 
 
 		 331 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0258  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.61 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1802  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.23 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0111168  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.16 
 
 		 336 aa  188  8e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1496  ABC transporter related  43.27 
 
 		 532 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1270  ABC transporter related  40.6 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4501  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.13 
 
 		 332 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.229817 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1617  ABC transporter-related protein  44.02 
 
 		 547 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.31 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1711  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.93 
 
 		 325 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.31 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D20  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  37.41 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1618  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  36.78 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.231064  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.38 
 
 		 321 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0457  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.92 
 
 		 321 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0956  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.85 
 
 		 339 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.960319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1777  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.67 
 
 		 326 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000396246 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0218  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.07 
 
 		 905 aa  186  3e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0707728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0372  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.03 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.53 
 
 		 338 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.53 
 
 		 338 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.53 
 
 		 338 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3273  acetamidase/formamidase  44.95 
 
 		 592 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1630  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal  42.5 
 
 		 712 aa  186  4e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0775  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  35.38 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138989  hitchhiker  0.00000000000731431 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2440  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.48 
 
 		 326 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.31 
 
 		 388 aa  185  6e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  41.44 
 
 		 349 aa  185  6e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2005  ABC transporter related  39.46 
 
 		 552 aa  185  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1950  oligopeptide transport ATP-binding protein F  38.15 
 
 		 330 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.08 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1796  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.34 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.749198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2207  ABC transporter related  43.91 
 
 		 549 aa  185  8e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252505  normal  0.194829 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  37.89 
 
 		 423 aa  185  8e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3267  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.38 
 
 		 339 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.231305  normal  0.0278452 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.08 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.08 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.08 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4448  ABC transporter related  46.86 
 
 		 287 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.338055  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03560  ABC-type dipeptide transport system, ATPase component  40.72 
 
 		 564 aa  184  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3252  peptide ABC transporter ATPase  44.95 
 
 		 592 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.15 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0613  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  40.85 
 
 		 336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3986  ABC transporter related  44.95 
 
 		 592 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0196  ABC transporter related  42.92 
 
 		 530 aa  183  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0570  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  41.03 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0119  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.07 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0814918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0190  ABC transporter related  42.92 
 
 		 530 aa  183  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0535  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.57 
 
 		 725 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5139  ABC transporter related  45.89 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.633617  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13190  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  41.8 
 
 		 338 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0554278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1252  putative phosphonate C-P lyase system protein PhnK  40 
 
 		 629 aa  183  3e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000167547 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.69 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.31 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0982  ABC transporter component  40.93 
 
 		 541 aa  182  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.616195  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  42.67 
 
 		 546 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2606  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.13 
 
 		 619 aa  183  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.865206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.69 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  39.69 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1234  ABC transporter related  38.34 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5258  putative ABC transporter ATP-binding protein  41.63 
 
 		 548 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.170302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  41.22 
 
 		 366 aa  182  4.0000000000000006e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1565  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.85 
 
 		 335 aa  182  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000744963  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.74 
 
 		 336 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5322  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  43.64 
 
 		 339 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>