More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7618 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7618  nickel transporter ATP-binding protein NikE  100 
 
 
264 aa  531  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0800  nickel transporter ATP-binding protein NikE  64.09 
 
 
266 aa  332  4e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306666  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0750  nickel transporter ATP-binding protein NikE  64.09 
 
 
266 aa  331  6e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2273  nickel transporter ATP-binding protein NikE  59.14 
 
 
277 aa  292  5e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215023  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3764  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.6 
 
 
268 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4820  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.21 
 
 
268 aa  279  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1838  nickel transporter ATP-binding protein NikE  56.37 
 
 
268 aa  279  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  hitchhiker  0.00699569 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3841  nickel transporter ATP-binding protein NikE  54.83 
 
 
268 aa  278  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3679  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.21 
 
 
268 aa  277  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0235  nickel import ATP-binding protein NikE  54.83 
 
 
268 aa  276  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03329  nickel transporter subunit  54.83 
 
 
268 aa  275  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3964  nickel transporter ATP-binding protein NikE  54.83 
 
 
268 aa  275  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03282  hypothetical protein  54.83 
 
 
268 aa  275  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0236  nickel transporter ATP-binding protein NikE  54.83 
 
 
268 aa  275  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6072  ABC transporter related  49.42 
 
 
263 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3346  nickel transporter ATP-binding protein NikE  45.21 
 
 
273 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3009  nickel transporter ATP-binding protein NikE  45.17 
 
 
273 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.208054  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0202  hypothetical protein  42.86 
 
 
332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0211  hypothetical protein  42.86 
 
 
332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5077  ABC transporter related  45.08 
 
 
549 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  43.64 
 
 
546 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2819  ABC transporter related  43.16 
 
 
571 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.810211  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2537  ABC transporter related  42.02 
 
 
573 aa  195  8.000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000203549 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0347  ABC transporter related  39.31 
 
 
320 aa  191  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2398  ABC transporter related  44.74 
 
 
310 aa  191  8e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1029  ABC transporter related  44.83 
 
 
544 aa  190  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1962  ABC transporter related protein  41.38 
 
 
573 aa  190  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2847  ABC transporter related  46.92 
 
 
540 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300943  normal  0.170999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1020  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.72 
 
 
334 aa  189  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113907  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0032  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.7 
 
 
346 aa  188  8e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.331059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1777  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.15 
 
 
326 aa  188  9e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000396246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1802  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.6 
 
 
307 aa  188  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0111168  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13693  dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter dppD  41.85 
 
 
548 aa  188  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.373881  normal  0.206528 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3644  ABC transporter related  45.85 
 
 
265 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2440  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.52 
 
 
326 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2029  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  41.03 
 
 
319 aa  186  3e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0372  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.47 
 
 
323 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3599  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  41.7 
 
 
327 aa  185  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3165  ABC transporter related  46.86 
 
 
540 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0389  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.6 
 
 
321 aa  185  7e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3520  peptide ABC transporter ATPase  46.86 
 
 
540 aa  184  9e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206923  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4532  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.49 
 
 
736 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.124709  normal  0.790856 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3738  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.72 
 
 
680 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.31873  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2624  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  41.96 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.591413  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26140  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  44.98 
 
 
665 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0117472  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5117  ABC transporter related protein  43.48 
 
 
279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.889797 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0847  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  43.86 
 
 
325 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  41.92 
 
 
337 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2487  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.56 
 
 
465 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.282444  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0775  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  39.66 
 
 
322 aa  182  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138989  hitchhiker  0.00000000000731431 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1839  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.73 
 
 
329 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0235  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.15 
 
 
337 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D20  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  43.2 
 
 
319 aa  181  8.000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1863  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.64 
 
 
331 aa  181  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.515218  normal  0.136919 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.98 
 
 
321 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2474  peptide ABC transporter ATP-binding protein  43.11 
 
 
329 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.279573  normal  0.0859764 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4045  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  37.31 
 
 
336 aa  181  1e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4370  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.35 
 
 
338 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.846843 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0535  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.7 
 
 
725 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8318  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.51 
 
 
674 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.734122 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0393  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.04 
 
 
323 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.43 
 
 
321 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1925  putative ABC transporter ATP-binding protein  40.08 
 
 
552 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  40.08 
 
 
344 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0950  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  38.55 
 
 
276 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0489  putative phosphonate C-P lyase system protein PhnK  42.2 
 
 
674 aa  179  4e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.31653 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1618  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  38.17 
 
 
322 aa  179  4e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.231064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2194  ABC transporter related  41.77 
 
 
600 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.966605  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13190  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  43.28 
 
 
338 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0554278  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0419  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.95 
 
 
355 aa  178  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0509  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.72 
 
 
330 aa  178  5.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1064  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.53 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3378  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.03 
 
 
359 aa  178  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1953  glutathione import ATP-binding protein GsiA  43.15 
 
 
686 aa  178  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0956  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.62 
 
 
339 aa  178  7e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.960319  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  37.5 
 
 
354 aa  178  7e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  40.16 
 
 
326 aa  178  8e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1008  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.68 
 
 
282 aa  178  9e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0879  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.91 
 
 
436 aa  178  9e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1292  ABC transporter related  39.92 
 
 
282 aa  178  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0488564  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4781  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.63 
 
 
703 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000215564 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1796  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.71 
 
 
338 aa  177  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.749198  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11080  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  39.75 
 
 
643 aa  178  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1496  ABC transporter related  39.39 
 
 
532 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2644  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.98 
 
 
322 aa  177  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.277235  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.15 
 
 
336 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2780  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.36 
 
 
324 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.368156  normal  0.0709961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1711  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.67 
 
 
325 aa  177  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.77 
 
 
388 aa  177  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1078  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  41.2 
 
 
334 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.407234  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5591  ABC transporter related  40.52 
 
 
551 aa  176  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.395056 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0559  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.79 
 
 
340 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.98385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  42.59 
 
 
619 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.394233 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1270  ABC transporter related  37.45 
 
 
308 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0876  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  39.92 
 
 
345 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1164  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  37.5 
 
 
329 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3547  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.96 
 
 
426 aa  176  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877618  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0126  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.72 
 
 
347 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.110005  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5661  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  39.58 
 
 
553 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.755522  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.64 
 
 
336 aa  176  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>