More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2273 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2273  nickel transporter ATP-binding protein NikE  100 
 
 
277 aa  548  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215023  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7618  nickel transporter ATP-binding protein NikE  59.14 
 
 
264 aa  292  5e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0800  nickel transporter ATP-binding protein NikE  57.69 
 
 
266 aa  288  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306666  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0750  nickel transporter ATP-binding protein NikE  57.69 
 
 
266 aa  288  7e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3764  nickel transporter ATP-binding protein NikE  56.42 
 
 
268 aa  275  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3679  nickel transporter ATP-binding protein NikE  56.03 
 
 
268 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03329  nickel transporter subunit  55.81 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03282  hypothetical protein  55.81 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1838  nickel transporter ATP-binding protein NikE  56.81 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  hitchhiker  0.00699569 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3964  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.81 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0236  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.81 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0235  nickel import ATP-binding protein NikE  55.81 
 
 
268 aa  273  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4820  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.64 
 
 
268 aa  270  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3841  nickel transporter ATP-binding protein NikE  55.25 
 
 
268 aa  270  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6072  ABC transporter related  55.68 
 
 
263 aa  254  9e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3009  nickel transporter ATP-binding protein NikE  52.14 
 
 
273 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.208054  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3346  nickel transporter ATP-binding protein NikE  52.14 
 
 
273 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2398  ABC transporter related  47.69 
 
 
310 aa  225  7e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1310  ABC transporter related  45.42 
 
 
544 aa  198  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0559382  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2624  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.49 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.591413  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1029  ABC transporter related  48.05 
 
 
544 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3738  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.28 
 
 
680 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.31873  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0847  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  45.14 
 
 
325 aa  196  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1802  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.02 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0111168  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  44.23 
 
 
546 aa  192  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5440  ABC transporter related  44.23 
 
 
285 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.574326  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3024  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  42.7 
 
 
346 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0347  ABC transporter related  41.2 
 
 
320 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1711  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.61 
 
 
325 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4781  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.48 
 
 
703 aa  188  8e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000215564 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0879  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.78 
 
 
436 aa  188  9e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6473  putative oligopeptide ABC transporter (ATP binding protein)  44.3 
 
 
350 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3599  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  42.05 
 
 
327 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4353  ABC transporter related  41.94 
 
 
276 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.762556  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0434  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.43 
 
 
328 aa  187  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.84761  normal  0.118426 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2194  ABC transporter related  42.21 
 
 
600 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.966605  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3805  ABC transporter related  44.68 
 
 
611 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.503567  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3778  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  45.85 
 
 
328 aa  186  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5077  ABC transporter related  45.45 
 
 
549 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4454  ABC transporter related  42.13 
 
 
619 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023315 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5293  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  43.23 
 
 
294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2091  ABC transporter related  42.8 
 
 
540 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160498  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2173  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.02 
 
 
376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.98974  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0626  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0569  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187494  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0788  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0634106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0716  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000233806 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0659  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  43.56 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.575275  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4448  ABC transporter related  44.08 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.338055  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0126  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.02 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.110005  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0102  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.16 
 
 
352 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0570  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.92 
 
 
308 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5352  ABC transporter related  44.27 
 
 
544 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.692209 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  44.44 
 
 
366 aa  183  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2015  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44 
 
 
329 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.471661  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5404  ABC transporter related  44.66 
 
 
544 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.235507  decreased coverage  0.00147169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0128  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  46.02 
 
 
346 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1961  ABC transporter related  42.31 
 
 
540 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.323177  normal  0.323319 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2185  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.67 
 
 
327 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0573  ABC transporter related  42.92 
 
 
308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6678  ABC transporter related  40.53 
 
 
562 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1777  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.48 
 
 
326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000396246 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5904  ABC transporter related  43.36 
 
 
555 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.969657  normal  0.702258 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3218  ABC transporter related  42.59 
 
 
585 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0854  glutathione transporter ATP-binding protein  44.02 
 
 
623 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3513  ABC transporter related protein  44.21 
 
 
541 aa  182  6e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.709638  normal  0.461992 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.32 
 
 
633 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.15689 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0950  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  40 
 
 
276 aa  182  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2159  oligopeptide transport ATP-binding protein  41.6 
 
 
333 aa  182  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00546678  normal  0.0666705 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0817  ABC transporter related  42.91 
 
 
285 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1956  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppF  41.6 
 
 
333 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.277866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4051  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.51 
 
 
633 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.049262  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2066  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.6 
 
 
333 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.652526  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00796  fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  44.02 
 
 
612 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.885832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00813  hypothetical protein  44.02 
 
 
612 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.991571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2813  ABC transporter related protein  44.02 
 
 
623 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.666718  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0138  ABC transporter related  42.37 
 
 
308 aa  181  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.574829  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1839  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.81 
 
 
329 aa  181  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0887  glutathione transporter ATP-binding protein  44.02 
 
 
623 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0900  glutathione transporter ATP-binding protein  44.02 
 
 
623 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1859  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.15 
 
 
328 aa  181  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2519  glutathione transporter ATP-binding protein  44.02 
 
 
623 aa  181  9.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503965  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5646  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  42.02 
 
 
330 aa  181  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2815  glutathione transporter ATP-binding protein  44.02 
 
 
623 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.990596  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1008  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.29 
 
 
282 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2290  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.48 
 
 
342 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0795951  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  42.19 
 
 
337 aa  181  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0554  ABC transporter-related protein  41.59 
 
 
308 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1950  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.02 
 
 
334 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1075  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.23 
 
 
319 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4204  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  40.6 
 
 
634 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4162  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.6 
 
 
634 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699138  decreased coverage  0.00270054 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0594  ABC transporter related  49.02 
 
 
530 aa  181  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3354  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.6 
 
 
634 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1292  ABC transporter related  38.93 
 
 
282 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0488564  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0211  hypothetical protein  41.09 
 
 
332 aa  180  2e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2440  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.32 
 
 
326 aa  180  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3434  ABC transporter related  41.57 
 
 
536 aa  180  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.560851 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0949  glutathione transporter ATP-binding protein  45.02 
 
 
623 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>