More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4026 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  100 
 
 
546 aa  1112    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5077  ABC transporter related  66.17 
 
 
549 aa  721    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3988  ABC transporter related  58.61 
 
 
547 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5352  ABC transporter related  56.07 
 
 
544 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.692209 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5404  ABC transporter related  55.95 
 
 
544 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.235507  decreased coverage  0.00147169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0625  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.25 
 
 
623 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2425  ABC transporter-like protein  48.25 
 
 
568 aa  500  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0129  ABC transporter related  51.32 
 
 
539 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1478  ABC oligopeptide transporter, fused ATPase subunits  51.13 
 
 
539 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0559812  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1617  ABC transporter-related protein  48.7 
 
 
547 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683358  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7226  ABC transporter related  46.75 
 
 
624 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0885974  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2887  ABC transporter related  50.57 
 
 
539 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.873295  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5758  ABC transporter related  46.59 
 
 
611 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1819  ATPase components of various ABC-type transport systems contain duplicated ATPase  47.05 
 
 
593 aa  490  1e-137  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0376212  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001975  peptide ABC transporter ATP-binding protein  44.54 
 
 
571 aa  488  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175781  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0463  ABC transporter, ATP-binding protein  43.62 
 
 
609 aa  491  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.56 
 
 
633 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.15689 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1268  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  48.4 
 
 
540 aa  486  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00492  ABC transporter ATPase component  44.54 
 
 
571 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03560  ABC-type dipeptide transport system, ATPase component  43.85 
 
 
564 aa  485  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2057  ABC transporter related  47.83 
 
 
537 aa  487  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0471715  normal  0.693771 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2826  ABC transporter related  45.77 
 
 
572 aa  488  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0515832  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1402  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  49.53 
 
 
534 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.536477  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3002  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.73 
 
 
625 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2031  ABC transporter ATP-binding protein  46.63 
 
 
539 aa  485  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00115375  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7191  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  48.33 
 
 
564 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3002  ABC transporter related  48.48 
 
 
531 aa  488  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1749  ABC transporter related  47.7 
 
 
599 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.84058  normal  0.153665 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1631  ABC transporter related  45.52 
 
 
578 aa  482  1e-135  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0681506 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2576  ABC transporter related protein  45.57 
 
 
601 aa  482  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0615694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7555  ABC transporter, ATP-binding protein  47.4 
 
 
544 aa  485  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.665329  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0423  ABC transporter related  47.25 
 
 
554 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0245  ABC transporter related  48.39 
 
 
542 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5116  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  46.92 
 
 
555 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4582  ABC transporter related  47.58 
 
 
619 aa  483  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2402  ABC transporter related  45.81 
 
 
615 aa  484  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3646  ABC transporter related  45.96 
 
 
609 aa  485  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4590  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.44 
 
 
625 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0191447  normal  0.806618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1541  ABC transporter related  46.7 
 
 
541 aa  482  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4226  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.47 
 
 
632 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6665  ABC transporter related  45.68 
 
 
611 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00669103 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1555  ABC transporter related protein  45.39 
 
 
593 aa  479  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal  0.0147945 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3252  peptide ABC transporter ATPase  49.44 
 
 
592 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1868  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter ATPase  45.52 
 
 
633 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5362  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  46.22 
 
 
611 aa  480  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4204  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  46.14 
 
 
634 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3273  acetamidase/formamidase  49.06 
 
 
592 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2991  ABC transporter related  45.73 
 
 
611 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1510  ABC transporter related  49.61 
 
 
534 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.706226  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4162  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.14 
 
 
634 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699138  decreased coverage  0.00270054 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1657  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.98 
 
 
631 aa  479  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0011  ABC transporter related  45.56 
 
 
553 aa  475  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001228  ABC transporter ATP-binding protein  45.81 
 
 
543 aa  477  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5232  ABC transporter related  48.94 
 
 
552 aa  478  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0900  glutathione transporter ATP-binding protein  45.8 
 
 
623 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1550  ABC transporter-related protein  45.49 
 
 
625 aa  476  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0980  glutathione transporter ATP-binding protein  45.97 
 
 
629 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1648  ABC transporter related  46.95 
 
 
538 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3986  ABC transporter related  49.25 
 
 
592 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0140  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  45.65 
 
 
632 aa  477  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2563  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  43.83 
 
 
571 aa  478  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3489  glutathione import ATP-binding protein GsiA  46.79 
 
 
537 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4688  ABC transporter related  48.77 
 
 
533 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.678377  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5294  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (peptide)  47.23 
 
 
549 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.26421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4251  ABC transporter related  46.7 
 
 
558 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0035  ABC transporter related  46.44 
 
 
543 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2651  ABC transporter related  45.85 
 
 
593 aa  476  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0447316  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3354  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.96 
 
 
634 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4449  ABC transporter related  46.31 
 
 
545 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.875798 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4051  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.82 
 
 
633 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.049262  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6678  ABC transporter related  46.69 
 
 
562 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4108  ABC transporter related  45.86 
 
 
612 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00796  fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  46.06 
 
 
612 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.885832  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2813  ABC transporter related protein  45.97 
 
 
623 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.666718  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0006  ABC transporter, ATP-binding protein  46.12 
 
 
541 aa  474  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3970  ABC transporter related  44.32 
 
 
640 aa  475  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7329  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  46.07 
 
 
626 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.148864  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4427  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.62 
 
 
649 aa  472  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0887  glutathione transporter ATP-binding protein  45.88 
 
 
623 aa  474  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3317  ABC transporter related  46.04 
 
 
545 aa  475  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3377  ABC transporter related  45.31 
 
 
575 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.169433  normal  0.0551648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00813  hypothetical protein  46.06 
 
 
612 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.991571  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3722  ABC transporter related  46.07 
 
 
535 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00680128  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4397  ABC transporter related protein  43.88 
 
 
623 aa  474  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0655491  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05094  hypothetical protein  46 
 
 
543 aa  473  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0854  glutathione transporter ATP-binding protein  45.7 
 
 
623 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2815  glutathione transporter ATP-binding protein  45.88 
 
 
623 aa  474  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.990596  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2819  ABC transporter related  45.39 
 
 
571 aa  474  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.810211  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4135  ABC transporter related  46.5 
 
 
545 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1528  ABC transporter related  44.83 
 
 
583 aa  474  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0147  ABC transporter related  44.06 
 
 
624 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.888744  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1755  ABC transporter  44.38 
 
 
536 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4454  ABC transporter related  43.93 
 
 
619 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023315 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0889  glutathione transporter ATP-binding protein  46.42 
 
 
623 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448185  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0006  ABC transporter, ATP-binding protein  45.94 
 
 
550 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0296287  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3102  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  45.58 
 
 
643 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.94565  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2519  glutathione transporter ATP-binding protein  45.97 
 
 
623 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503965  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4108  ABC transporter related  43.53 
 
 
623 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.486076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3657  ABC transporter related  48.44 
 
 
540 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0561  ABC transporter for peptide ATP-binding protein  43.67 
 
 
566 aa  471  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>