More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3644 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3644  ABC transporter related  100 
 
 
265 aa  531  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2960  ABC transporter related  76.6 
 
 
265 aa  407  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2683  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  61.78 
 
 
318 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158942  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1292  ABC transporter related  52.29 
 
 
282 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0488564  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0950  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.85 
 
 
276 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1008  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  53.05 
 
 
282 aa  263  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0457  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.62 
 
 
321 aa  260  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5139  ABC transporter related  57.87 
 
 
261 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.633617  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7187  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  52.94 
 
 
313 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.15 
 
 
321 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  49.81 
 
 
282 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.67 
 
 
336 aa  253  3e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.88 
 
 
336 aa  253  3e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  49.04 
 
 
282 aa  251  7e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3599  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  50.59 
 
 
327 aa  250  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0063  ABC transporter related  49.81 
 
 
282 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0307573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5118  putative ABC transporter ATP-binding  49.43 
 
 
325 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.583435  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2194  ABC transporter related  53.33 
 
 
600 aa  248  7e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.966605  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1004  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.49 
 
 
323 aa  247  1e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0202  hypothetical protein  50.39 
 
 
332 aa  248  1e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1000  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.49 
 
 
323 aa  247  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.90335e-62 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0211  hypothetical protein  50.39 
 
 
332 aa  248  1e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1371  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
338 aa  247  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.116668  normal  0.025409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4730  ABC transporter related  52.73 
 
 
273 aa  247  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0826  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.49 
 
 
326 aa  246  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0811  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.49 
 
 
326 aa  247  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.16 
 
 
366 aa  246  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6951  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  50.97 
 
 
332 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0807  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.88 
 
 
323 aa  246  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4382  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  45.49 
 
 
323 aa  246  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.71885e-23 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1147  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.75 
 
 
336 aa  246  3e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.314064 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0389  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.77 
 
 
321 aa  246  3e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01760  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  52.55 
 
 
584 aa  245  4e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0949  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  45.1 
 
 
323 aa  245  6e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1220  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.47 
 
 
349 aa  244  6.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.585278  normal  0.0173539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3173  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  52.14 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50.38 
 
 
317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
388 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0870  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  49.81 
 
 
322 aa  243  3e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.772702  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2487  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.56 
 
 
465 aa  243  3e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.282444  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3783  ABC transporter related  50 
 
 
328 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.259832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0393  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.66 
 
 
323 aa  241  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0218  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.5 
 
 
905 aa  241  7.999999999999999e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0707728  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2765  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.94 
 
 
339 aa  241  7.999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633226  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1227  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.89 
 
 
339 aa  241  7.999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  50.39 
 
 
349 aa  241  9e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8318  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.84 
 
 
674 aa  241  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.734122 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0863  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  44.71 
 
 
326 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0669  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
344 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3778  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.35 
 
 
328 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0912  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  44.71 
 
 
323 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0180  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.62 
 
 
478 aa  241  1e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0691  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
344 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0219399 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0625  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.2 
 
 
623 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0500  ABC transporter ATP-binding protein  49.22 
 
 
328 aa  239  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  49.03 
 
 
546 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6665  ABC transporter related  48.24 
 
 
611 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00669103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  51.12 
 
 
337 aa  240  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4582  ABC transporter related  51.36 
 
 
619 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.62 
 
 
317 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36490  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  51.45 
 
 
360 aa  239  4e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.384991  normal  0.757279 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1292  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.84 
 
 
352 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00715286  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3354  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.8 
 
 
634 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4204  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  49.8 
 
 
634 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4162  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.8 
 
 
634 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699138  decreased coverage  0.00270054 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3503  ABC transporter related  52.55 
 
 
288 aa  238  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.365149  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.01 
 
 
338 aa  238  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0248  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
443 aa  239  5e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2964  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
364 aa  238  5.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000603569 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.81 
 
 
348 aa  238  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1112  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  50.2 
 
 
662 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663685  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4427  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.78 
 
 
649 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0573  ABC transporter related  46.18 
 
 
308 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  238  8e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0956  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.06 
 
 
339 aa  238  8e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.960319  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4051  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
633 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.049262  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0588  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  52.11 
 
 
338 aa  238  9e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.861389  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5362  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  50.58 
 
 
611 aa  238  9e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6473  putative oligopeptide ABC transporter (ATP binding protein)  49.81 
 
 
350 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5658  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.02 
 
 
314 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0626  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  237  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0569  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  237  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.92 
 
 
321 aa  237  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5117  ABC transporter related protein  52.31 
 
 
279 aa  237  1e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.889797 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0659  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  237  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.575275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4140  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.24 
 
 
370 aa  237  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.186774 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0788  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0634106  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4370  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.44 
 
 
338 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.846843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3421  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.04 
 
 
369 aa  237  1e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4448  ABC transporter related  50.39 
 
 
287 aa  237  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.338055  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  48.24 
 
 
338 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4108  ABC transporter related  49.02 
 
 
612 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  48.24 
 
 
338 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0716  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.8 
 
 
308 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000233806 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0939  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.44 
 
 
355 aa  237  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.134085  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_928  ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component  48.83 
 
 
329 aa  237  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.536054  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0570  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  46.18 
 
 
308 aa  237  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5758  ABC transporter related  48.24 
 
 
611 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1094  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.45 
 
 
332 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00802536  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1811  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  48.69 
 
 
324 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>