55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0275 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1530  porin  84.81 
 
 		 380 aa  653    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.232384  normal  0.862821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0275  porin  100 
 
 		 387 aa  791    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450177  hitchhiker  0.0000113069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2728  porin  85.49 
 
 		 379 aa  673    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0767008  hitchhiker  0.0000304831 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1860  porin  91.01 
 
 		 380 aa  704    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0469133  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2561  porin  75.26 
 
 		 386 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.23329  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2365  hypothetical protein  69.71 
 
 		 387 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000963211  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2526  hypothetical protein  69.45 
 
 		 387 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0440119  normal  0.0252757 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2437  hypothetical protein  69.71 
 
 		 387 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1788  porin  69.45 
 
 		 387 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0218483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1749  porin  69.45 
 
 		 387 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0474963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2535  porin  69.19 
 
 		 387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00634878  hitchhiker  0.000395636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1745  porin  69.19 
 
 		 387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00151108  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  70.23 
 
 		 383 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2083  hypothetical protein  71.35 
 
 		 382 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000452376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0519  hypothetical protein  47.15 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00710  hypothetical protein  49.72 
 
 		 387 aa  346  5e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  38.01 
 
 		 408 aa  233  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  37.7 
 
 		 390 aa  227  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03254  secreted protein of porin family  36.52 
 
 		 346 aa  219  8.999999999999998e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  35.31 
 
 		 470 aa  215  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3973  putative secreted protein  35.04 
 
 		 475 aa  202  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2599  hypothetical protein  35.83 
 
 		 418 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.444399  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  37.6 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0904  hypothetical protein  35.75 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.844767  hitchhiker  0.00000607436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3418  hypothetical protein  35.75 
 
 		 351 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2612  hypothetical protein  36.41 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1401  hypothetical protein  33.33 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00461856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4962  hypothetical protein  35.13 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.936284  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3138  hypothetical protein  34.91 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.363093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1263  hypothetical protein  35.73 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0322  hypothetical protein  30.92 
 
 		 362 aa  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0273  hypothetical protein  30.99 
 
 		 354 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.74892  hitchhiker  0.000266668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4187  hypothetical protein  30.46 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429179 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2537  hypothetical protein  31.3 
 
 		 371 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.125269  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0302  hypothetical protein  32.1 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0852461  normal  0.204946 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1411  hypothetical protein  32.72 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  30.03 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0404  hypothetical protein  30.73 
 
 		 475 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.331514  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1730  hypothetical protein  28.8 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  26.37 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1424  hypothetical protein  27.38 
 
 		 560 aa  110  5e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1239  hypothetical protein  27.95 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.335743  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0510  secreted porin family protein  26.94 
 
 		 400 aa  97.1  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.938246  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1166  hypothetical protein  29.32 
 
 		 343 aa  94.7  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.875673 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3321  hypothetical protein  26.75 
 
 		 347 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0104  hypothetical protein  27.72 
 
 		 351 aa  91.3  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.901888  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4728  hypothetical protein  29.05 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.828062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1605  hypothetical protein  26.27 
 
 		 433 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3626  hypothetical protein  27.49 
 
 		 593 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0838658  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0526  hypothetical protein  27.67 
 
 		 635 aa  55.1  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.710875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3415  hypothetical protein  30.96 
 
 		 549 aa  54.7  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1077  hypothetical protein  27.65 
 
 		 551 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.350555 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2826  hypothetical protein  30.07 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1995  hypothetical protein  26.03 
 
 		 572 aa  43.9  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.290719  normal  0.0311795 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1428  hypothetical protein  27.6 
 
 		 441 aa  43.9  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>