50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2612 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2612  hypothetical protein  100 
 
 		 346 aa  706    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3138  hypothetical protein  81.79 
 
 		 346 aa  597  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.363093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3418  hypothetical protein  69.8 
 
 		 351 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4962  hypothetical protein  58.84 
 
 		 352 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.936284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1401  hypothetical protein  56.69 
 
 		 348 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00461856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1263  hypothetical protein  56.59 
 
 		 346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  51.14 
 
 		 344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0904  hypothetical protein  46.8 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.844767  hitchhiker  0.00000607436 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4187  hypothetical protein  45.4 
 
 		 357 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0273  hypothetical protein  45.51 
 
 		 354 aa  286  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.74892  hitchhiker  0.000266668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0322  hypothetical protein  44.21 
 
 		 362 aa  286  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1411  hypothetical protein  45 
 
 		 360 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0302  hypothetical protein  45.29 
 
 		 360 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0852461  normal  0.204946 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2537  hypothetical protein  40.4 
 
 		 371 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.125269  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00710  hypothetical protein  39.23 
 
 		 387 aa  196  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2083  hypothetical protein  37.7 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000452376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0519  hypothetical protein  34.7 
 
 		 388 aa  180  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0275  porin  36.41 
 
 		 387 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450177  hitchhiker  0.0000113069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2728  porin  36.81 
 
 		 379 aa  173  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0767008  hitchhiker  0.0000304831 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2437  hypothetical protein  35.25 
 
 		 387 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1860  porin  35.99 
 
 		 380 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0469133  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2365  hypothetical protein  34.97 
 
 		 387 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000963211  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1530  porin  37.43 
 
 		 380 aa  168  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.232384  normal  0.862821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2526  hypothetical protein  34.7 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0440119  normal  0.0252757 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  36.92 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1788  porin  35.46 
 
 		 387 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0218483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1749  porin  35.46 
 
 		 387 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0474963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1745  porin  36.19 
 
 		 387 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00151108  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2535  porin  35.46 
 
 		 387 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00634878  hitchhiker  0.000395636 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2561  porin  33.07 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.23329  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03254  secreted protein of porin family  38.49 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3973  putative secreted protein  31.44 
 
 		 475 aa  150  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  39.32 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  33.42 
 
 		 408 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2599  hypothetical protein  30.21 
 
 		 418 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.444399  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1730  hypothetical protein  35.92 
 
 		 365 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  30.48 
 
 		 470 aa  110  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1239  hypothetical protein  29.53 
 
 		 343 aa  100  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.335743  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1166  hypothetical protein  29.53 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.875673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0404  hypothetical protein  31.54 
 
 		 475 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.331514  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  25.28 
 
 		 477 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0104  hypothetical protein  27.63 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.901888  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1424  hypothetical protein  26.03 
 
 		 560 aa  82  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0510  secreted porin family protein  27.48 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.938246  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4728  hypothetical protein  27.76 
 
 		 464 aa  67  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.828062  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  26.39 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1605  hypothetical protein  33.83 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3626  hypothetical protein  26.21 
 
 		 593 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0838658  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3415  hypothetical protein  29.44 
 
 		 549 aa  51.2  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3321  hypothetical protein  28.47 
 
 		 347 aa  46.6  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>