63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1530 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1860  porin  86.05 
 
 		 380 aa  690    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0469133  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1530  porin  100 
 
 		 380 aa  778    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.232384  normal  0.862821 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2728  porin  84.47 
 
 		 379 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0767008  hitchhiker  0.0000304831 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0275  porin  81.4 
 
 		 387 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450177  hitchhiker  0.0000113069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2561  porin  77.63 
 
 		 386 aa  614  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.23329  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2526  hypothetical protein  73.64 
 
 		 387 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0440119  normal  0.0252757 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2365  hypothetical protein  73.64 
 
 		 387 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000963211  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2437  hypothetical protein  73.39 
 
 		 387 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  73.96 
 
 		 383 aa  598  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1788  porin  74.16 
 
 		 387 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0218483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1749  porin  73.64 
 
 		 387 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0474963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2535  porin  73.9 
 
 		 387 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00634878  hitchhiker  0.000395636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1745  porin  73.9 
 
 		 387 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00151108  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2083  hypothetical protein  73.37 
 
 		 382 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000452376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0519  hypothetical protein  47.7 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00710  hypothetical protein  47.69 
 
 		 387 aa  340  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  39.9 
 
 		 408 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  38.96 
 
 		 390 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03254  secreted protein of porin family  37.93 
 
 		 346 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3973  putative secreted protein  35.85 
 
 		 475 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  34.33 
 
 		 470 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2599  hypothetical protein  35.71 
 
 		 418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.444399  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  38.24 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0904  hypothetical protein  37.91 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.844767  hitchhiker  0.00000607436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3418  hypothetical protein  35.82 
 
 		 351 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2612  hypothetical protein  37.24 
 
 		 346 aa  176  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1401  hypothetical protein  36.5 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00461856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3138  hypothetical protein  34.18 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.363093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4962  hypothetical protein  34.97 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.936284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1263  hypothetical protein  33.94 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0302  hypothetical protein  30.87 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0852461  normal  0.204946 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0273  hypothetical protein  32.49 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.74892  hitchhiker  0.000266668 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1411  hypothetical protein  30.53 
 
 		 360 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4187  hypothetical protein  34.81 
 
 		 357 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0322  hypothetical protein  32.91 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  28.22 
 
 		 477 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0404  hypothetical protein  31.56 
 
 		 475 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.331514  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2537  hypothetical protein  31.23 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.125269  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1730  hypothetical protein  29.27 
 
 		 365 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  31.71 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1424  hypothetical protein  28.53 
 
 		 560 aa  122  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0510  secreted porin family protein  29.21 
 
 		 400 aa  103  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.938246  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1239  hypothetical protein  31.04 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.335743  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4728  hypothetical protein  28.66 
 
 		 464 aa  93.6  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.828062  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3321  hypothetical protein  26.91 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1166  hypothetical protein  31.96 
 
 		 343 aa  90.1  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.875673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0104  hypothetical protein  26.22 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.901888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1605  hypothetical protein  26.91 
 
 		 433 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0526  hypothetical protein  26.61 
 
 		 635 aa  58.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.710875 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4828  hypothetical protein  27.34 
 
 		 420 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3626  hypothetical protein  26.48 
 
 		 593 aa  55.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0838658  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3415  hypothetical protein  31.48 
 
 		 549 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1995  hypothetical protein  25.71 
 
 		 572 aa  47.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.290719  normal  0.0311795 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1077  hypothetical protein  28.35 
 
 		 551 aa  47  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.350555 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1498  hypothetical protein  29.87 
 
 		 409 aa  46.6  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0114368  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2691  hypothetical protein  27.46 
 
 		 585 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0485847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3572  hypothetical protein  26.28 
 
 		 452 aa  44.3  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.544352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1428  hypothetical protein  27.14 
 
 		 441 aa  43.5  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134202  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  27.46 
 
 		 527 aa  43.5  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  28.79 
 
 		 553 aa  42.7  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  28.79 
 
 		 553 aa  42.7  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2826  hypothetical protein  29.19 
 
 		 441 aa  42.7  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  24.34 
 
 		 491 aa  42.7  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>