48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4187 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4187  hypothetical protein  100 
 
 		 357 aa  738    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0322  hypothetical protein  66.67 
 
 		 362 aa  499  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0273  hypothetical protein  65.92 
 
 		 354 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.74892  hitchhiker  0.000266668 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1411  hypothetical protein  65.1 
 
 		 360 aa  478  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0302  hypothetical protein  63.71 
 
 		 360 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0852461  normal  0.204946 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2537  hypothetical protein  61.46 
 
 		 371 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.125269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2612  hypothetical protein  43.92 
 
 		 346 aa  306  3e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1401  hypothetical protein  42.9 
 
 		 348 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00461856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3138  hypothetical protein  41.44 
 
 		 346 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.363093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4962  hypothetical protein  40.5 
 
 		 352 aa  276  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.936284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3418  hypothetical protein  40.55 
 
 		 351 aa  273  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1263  hypothetical protein  41.92 
 
 		 346 aa  266  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  38.05 
 
 		 344 aa  246  6e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0904  hypothetical protein  37.93 
 
 		 356 aa  236  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.844767  hitchhiker  0.00000607436 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  36.51 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0519  hypothetical protein  32.84 
 
 		 388 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2365  hypothetical protein  33.06 
 
 		 387 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000963211  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2437  hypothetical protein  32.52 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2526  hypothetical protein  33.74 
 
 		 387 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0440119  normal  0.0252757 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2083  hypothetical protein  37.33 
 
 		 382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000452376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1749  porin  36.91 
 
 		 387 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0474963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0275  porin  30.2 
 
 		 387 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450177  hitchhiker  0.0000113069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1860  porin  30.81 
 
 		 380 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0469133  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2535  porin  35.53 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00634878  hitchhiker  0.000395636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1745  porin  35.2 
 
 		 387 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00151108  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1788  porin  35.2 
 
 		 387 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0218483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2728  porin  32.8 
 
 		 379 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0767008  hitchhiker  0.0000304831 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1530  porin  34.8 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.232384  normal  0.862821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00710  hypothetical protein  30.85 
 
 		 387 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2561  porin  30.86 
 
 		 386 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.23329  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3973  putative secreted protein  28.96 
 
 		 475 aa  125  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  30.1 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03254  secreted protein of porin family  32 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  32.24 
 
 		 390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2599  hypothetical protein  32.3 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.444399  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1730  hypothetical protein  30.8 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  31.6 
 
 		 470 aa  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1239  hypothetical protein  25.95 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.335743  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  25.88 
 
 		 477 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0404  hypothetical protein  28.57 
 
 		 475 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.331514  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0510  secreted porin family protein  27.01 
 
 		 400 aa  67  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.938246  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1166  hypothetical protein  25.07 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.875673 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1424  hypothetical protein  23.62 
 
 		 560 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0104  hypothetical protein  26.2 
 
 		 351 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.901888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  23.93 
 
 		 386 aa  51.2  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4728  hypothetical protein  24.51 
 
 		 464 aa  50.8  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.828062  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3626  hypothetical protein  24.65 
 
 		 593 aa  49.7  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0838658  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0526  hypothetical protein  33.85 
 
 		 635 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.710875 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>