More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_20490 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  100 
 
 
326 aa  651    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.38 
 
 
339 aa  525  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  75.42 
 
 
324 aa  478  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.14 
 
 
332 aa  475  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  73.19 
 
 
336 aa  476  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  69.47 
 
 
331 aa  473  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.4 
 
 
334 aa  453  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.43 
 
 
340 aa  443  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.52 
 
 
322 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.41 
 
 
328 aa  413  1e-114  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.87 
 
 
332 aa  408  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
335 aa  373  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 
315 aa  348  8e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49 
 
 
317 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
318 aa  297  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
321 aa  281  1e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  46.32 
 
 
334 aa  280  3e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
333 aa  272  5.000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
315 aa  272  6e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
298 aa  271  1e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
323 aa  267  2e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
325 aa  263  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
346 aa  261  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
304 aa  261  1e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
310 aa  260  3e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
322 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  42.2 
 
 
324 aa  253  5.000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
320 aa  252  7e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
315 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
304 aa  251  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  43.04 
 
 
327 aa  250  2e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
324 aa  250  2e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
307 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  39.76 
 
 
316 aa  246  3e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
326 aa  246  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
318 aa  243  5e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 
326 aa  239  5e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
330 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
326 aa  237  3e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
326 aa  236  3e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  39.48 
 
 
341 aa  236  4e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  40.19 
 
 
340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.14 
 
 
320 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
330 aa  232  6e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
327 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  41.78 
 
 
331 aa  231  9e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
327 aa  230  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
305 aa  229  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
300 aa  228  2e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  40.67 
 
 
313 aa  224  2e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
308 aa  223  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  42.05 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
312 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
351 aa  217  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
318 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
319 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
339 aa  213  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
310 aa  212  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
323 aa  208  9e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
332 aa  208  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
320 aa  204  1e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  39.35 
 
 
346 aa  204  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
319 aa  199  5e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.06 
 
 
324 aa  199  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
350 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
316 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.4 
 
 
335 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
288 aa  186  5e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
316 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
292 aa  166  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  29.36 
 
 
322 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  31.63 
 
 
308 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.05 
 
 
478 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
313 aa  147  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.5 
 
 
333 aa  144  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.56 
 
 
321 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.95 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.34 
 
 
307 aa  122  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
300 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
325 aa  110  3e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  27.73 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
311 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0016702  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0563  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.14 
 
 
294 aa  106  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.22835  normal  0.0558608 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
326 aa  105  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
309 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
290 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.307929 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
310 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0295  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.27 
 
 
300 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5408  carbohydrate ABC transporter membrane protein 1, CUT1 family  30 
 
 
305 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0905  transmembrane permease MsmF  29.82 
 
 
289 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0122469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>