More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05740 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  100 
 
 
346 aa  687    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.98 
 
 
330 aa  536  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  53.95 
 
 
331 aa  322  7e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.88 
 
 
327 aa  321  9.999999999999999e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  52.65 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.4 
 
 
346 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 
331 aa  312  4.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
320 aa  312  6.999999999999999e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  53.25 
 
 
332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  48.69 
 
 
340 aa  307  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 
332 aa  305  5.0000000000000004e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  50 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.36 
 
 
305 aa  301  1e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.69 
 
 
350 aa  300  2e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.07 
 
 
324 aa  291  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.66 
 
 
339 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
329 aa  285  5.999999999999999e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
321 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.68 
 
 
335 aa  280  4e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.2 
 
 
310 aa  278  9e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.53 
 
 
325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
333 aa  272  6e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  41.06 
 
 
334 aa  265  1e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46 
 
 
319 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
311 aa  251  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.88 
 
 
331 aa  250  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
322 aa  246  4e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
323 aa  246  6e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
304 aa  245  9e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  40.14 
 
 
326 aa  239  4e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
315 aa  237  3e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
328 aa  236  4e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
332 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
339 aa  231  1e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
317 aa  229  4e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
315 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
318 aa  225  1e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
340 aa  224  2e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  38.49 
 
 
324 aa  223  4.9999999999999996e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
324 aa  222  6e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
318 aa  220  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  36.13 
 
 
324 aa  220  3e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
315 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  38.18 
 
 
336 aa  218  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
332 aa  218  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
330 aa  216  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
323 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
312 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
326 aa  211  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
326 aa  211  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
319 aa  209  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
313 aa  206  4e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  34.6 
 
 
316 aa  204  1e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
335 aa  204  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
307 aa  200  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
320 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
298 aa  197  3e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  37.13 
 
 
327 aa  192  7e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
351 aa  191  1e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
300 aa  190  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
324 aa  190  4e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
323 aa  189  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
318 aa  185  8e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
326 aa  182  7e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
320 aa  182  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
478 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
316 aa  169  8e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
292 aa  160  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
316 aa  159  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
288 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
333 aa  153  4e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  29.78 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  30.82 
 
 
308 aa  143  6e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.08 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.63 
 
 
307 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2978  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
289 aa  125  9e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
316 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
323 aa  119  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.059557  normal  0.598754 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488788  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
291 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.216687  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4017  carbohydrate ABC transporter permease  28.77 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  26.33 
 
 
350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30 
 
 
321 aa  113  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0550121  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3574  carbohydrate ABC transporter permease  28.42 
 
 
294 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
294 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
309 aa  112  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  30.88 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>