More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0393 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  665    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.36 
 
 
307 aa  290  3e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.8 
 
 
326 aa  287  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
317 aa  285  7e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  45.59 
 
 
324 aa  276  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
323 aa  270  2e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  48.05 
 
 
327 aa  268  7e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 
320 aa  261  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  43.85 
 
 
316 aa  260  2e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
315 aa  259  4e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
323 aa  258  1e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
324 aa  256  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
315 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
321 aa  240  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.36 
 
 
331 aa  241  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
298 aa  239  5e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
333 aa  238  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
318 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
334 aa  232  6e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  40.8 
 
 
326 aa  231  1e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
335 aa  231  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
339 aa  230  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
318 aa  229  4e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
330 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  39.46 
 
 
324 aa  225  8e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
310 aa  222  7e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
332 aa  222  9e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  39.05 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
326 aa  219  5e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
311 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
324 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  36.73 
 
 
334 aa  216  5e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
315 aa  212  5.999999999999999e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
322 aa  212  7e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
308 aa  212  7.999999999999999e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
325 aa  211  1e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
320 aa  209  4e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
330 aa  209  6e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
328 aa  208  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
340 aa  207  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
304 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
322 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
304 aa  204  1e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
315 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
323 aa  203  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
312 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
346 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
319 aa  189  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
300 aa  183  3e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
318 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  35.23 
 
 
331 aa  177  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
324 aa  172  5e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
351 aa  172  5.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
339 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  36.16 
 
 
346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  30.63 
 
 
313 aa  166  4e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
331 aa  165  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.19 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  28.96 
 
 
341 aa  161  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
350 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  30.19 
 
 
340 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
320 aa  159  7e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
310 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
319 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
324 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.13 
 
 
335 aa  153  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.53 
 
 
478 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 
322 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
316 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  32.68 
 
 
308 aa  149  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
329 aa  149  9e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  31.48 
 
 
332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
292 aa  145  8.000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.41 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 
307 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.86 
 
 
321 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0541  ABC transporter, permease protein  29.24 
 
 
308 aa  106  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0557  ABC transporter, permease protein  29.24 
 
 
308 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.56 
 
 
316 aa  100  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0810  ABC-type sugar transport system, permease component  29.08 
 
 
283 aa  97.8  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.05 
 
 
326 aa  98.2  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
315 aa  95.5  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.25 
 
 
309 aa  93.2  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.24 
 
 
298 aa  92.8  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.87 
 
 
328 aa  92.8  8e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.67 
 
 
316 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000245953 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.6 
 
 
327 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.042733  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.57 
 
 
327 aa  91.3  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0175684  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
319 aa  90.9  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  27.6 
 
 
275 aa  89.7  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>