More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2171 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
324 aa  641    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.22 
 
 
346 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  63.75 
 
 
340 aa  409  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  64.67 
 
 
341 aa  402  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  65.79 
 
 
331 aa  400  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.27 
 
 
327 aa  396  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.28 
 
 
331 aa  390  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  61.66 
 
 
332 aa  362  3e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.55 
 
 
320 aa  353  2e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
310 aa  347  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.34 
 
 
305 aa  347  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  59.27 
 
 
313 aa  345  4e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.35 
 
 
339 aa  341  8e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
330 aa  326  3e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
332 aa  324  2e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.57 
 
 
350 aa  309  4e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.41 
 
 
329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 
335 aa  301  7.000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  53.07 
 
 
346 aa  294  1e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
319 aa  275  6e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
321 aa  273  3e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
333 aa  269  5e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.56 
 
 
331 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  43.94 
 
 
326 aa  259  6e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
332 aa  258  7e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
322 aa  256  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  41.08 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
339 aa  249  5e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
334 aa  245  8e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
325 aa  239  4e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  38.97 
 
 
324 aa  236  3e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  40.63 
 
 
336 aa  230  2e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
304 aa  229  5e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
304 aa  229  6e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
322 aa  228  8e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
328 aa  228  1e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
317 aa  228  1e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
318 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
315 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
315 aa  223  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
340 aa  224  2e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
311 aa  223  4e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
327 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
323 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
318 aa  216  5e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
315 aa  216  5e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.83 
 
 
326 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
298 aa  208  9e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
312 aa  208  9e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
308 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  35.67 
 
 
324 aa  206  4e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
310 aa  206  4e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
320 aa  205  8e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
319 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
335 aa  203  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
326 aa  202  9e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  37.23 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  34.01 
 
 
316 aa  196  6e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
318 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
323 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
330 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
307 aa  190  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
315 aa  183  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
324 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
320 aa  180  4e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
326 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 
323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
288 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
478 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
351 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
316 aa  157  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
316 aa  156  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.56 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  29.7 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 
322 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
292 aa  143  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.57 
 
 
316 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.85 
 
 
315 aa  122  9e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488788  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  27.21 
 
 
350 aa  117  3e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
318 aa  112  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.56 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0295  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.39 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 
287 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
326 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
306 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0905  transmembrane permease MsmF  29.12 
 
 
289 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0122469  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6550  putative transmembrane binding-protein-dependent transporter  33.01 
 
 
303 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000015909 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.78 
 
 
311 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0016702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>