More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_10090 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  100 
 
 
331 aa  661    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80 
 
 
327 aa  492  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.17 
 
 
331 aa  424  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  64.13 
 
 
340 aa  411  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  66.11 
 
 
341 aa  402  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.18 
 
 
346 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  65.11 
 
 
332 aa  387  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.01 
 
 
324 aa  373  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.46 
 
 
320 aa  374  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.58 
 
 
310 aa  346  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
339 aa  339  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.54 
 
 
330 aa  339  2.9999999999999998e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.91 
 
 
305 aa  337  9.999999999999999e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.59 
 
 
332 aa  332  4e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  54.84 
 
 
313 aa  332  6e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.49 
 
 
335 aa  311  1e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  53.95 
 
 
346 aa  299  6e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.2 
 
 
350 aa  293  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
333 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
329 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  43.75 
 
 
334 aa  268  7e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
321 aa  266  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
319 aa  259  3e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
325 aa  247  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.74 
 
 
331 aa  242  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  42.21 
 
 
326 aa  239  4e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
322 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
324 aa  236  4e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
304 aa  236  4e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
304 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
339 aa  229  6e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
334 aa  226  4e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
311 aa  223  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
317 aa  223  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
319 aa  223  4e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
308 aa  222  7e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
322 aa  220  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
315 aa  220  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
315 aa  219  7e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  37.24 
 
 
324 aa  215  7e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  37.5 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
318 aa  208  9e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
318 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
327 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
310 aa  206  4e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
340 aa  205  7e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
335 aa  203  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
315 aa  202  5e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
332 aa  200  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  35.94 
 
 
324 aa  199  5e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
323 aa  196  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
326 aa  197  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
320 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
312 aa  195  9e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
324 aa  195  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
326 aa  195  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  39.93 
 
 
327 aa  194  2e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
318 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
313 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
320 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
330 aa  186  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
324 aa  186  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  34.34 
 
 
316 aa  186  5e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
298 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
315 aa  182  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
326 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
326 aa  179  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
351 aa  173  5e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.39 
 
 
323 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
316 aa  159  8e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
288 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  30.99 
 
 
322 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  31.79 
 
 
308 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
316 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.41 
 
 
478 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.21 
 
 
333 aa  133  5e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
313 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
316 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488788  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.42 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  27.42 
 
 
350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.41 
 
 
303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5408  carbohydrate ABC transporter membrane protein 1, CUT1 family  29.78 
 
 
305 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  30.21 
 
 
288 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2978  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.49 
 
 
327 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.042733  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
298 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
317 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>