More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1715 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
316 aa  644    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  52.4 
 
 
322 aa  326  3e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  53.18 
 
 
308 aa  326  4.0000000000000003e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
333 aa  297  2e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
321 aa  275  1.0000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
307 aa  252  7e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
288 aa  217  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
323 aa  179  8e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
322 aa  176  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
304 aa  176  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
319 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
311 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.67 
 
 
321 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
315 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  29.17 
 
 
334 aa  169  8e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
298 aa  168  1e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
324 aa  162  7e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
313 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
330 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  34.43 
 
 
327 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
323 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
317 aa  160  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
327 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.87 
 
 
320 aa  159  7e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
312 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
326 aa  153  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
315 aa  152  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
304 aa  151  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.15 
 
 
335 aa  151  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
324 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
300 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
326 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
324 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  28.94 
 
 
331 aa  149  7e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
310 aa  149  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
318 aa  149  8e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.06 
 
 
333 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
332 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
318 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.89 
 
 
315 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.21 
 
 
325 aa  142  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  30.13 
 
 
313 aa  142  9e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
315 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.56 
 
 
334 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.7 
 
 
351 aa  138  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
340 aa  136  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 
307 aa  136  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  28.57 
 
 
324 aa  135  7.000000000000001e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
316 aa  135  8e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
346 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  31.07 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.16 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  28.85 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.01 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  28.04 
 
 
324 aa  134  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
305 aa  132  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.22 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  26.47 
 
 
326 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  29.34 
 
 
341 aa  126  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.88 
 
 
310 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.66 
 
 
292 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
339 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.87 
 
 
320 aa  124  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.22 
 
 
330 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.18 
 
 
326 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  28.52 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.1 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.67 
 
 
331 aa  115  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  26.86 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.51 
 
 
319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.73 
 
 
478 aa  109  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.99 
 
 
350 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.16 
 
 
323 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.54 
 
 
316 aa  105  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.11 
 
 
332 aa  105  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.57 
 
 
324 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  27.08 
 
 
346 aa  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  28.28 
 
 
332 aa  100  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.93 
 
 
329 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
309 aa  99  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
335 aa  98.6  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
299 aa  96.3  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.54 
 
 
315 aa  95.9  8e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.36 
 
 
308 aa  95.9  8e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
311 aa  94  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
312 aa  93.6  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.772545  normal  0.492978 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  26.1 
 
 
350 aa  92.4  9e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  28.41 
 
 
317 aa  91.7  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
315 aa  90.1  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488788  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
324 aa  89.7  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000204062  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
314 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
307 aa  89  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
306 aa  88.6  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>