More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1119 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  645    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0757482  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.95 
 
 
315 aa  329  4e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01640  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  48.99 
 
 
324 aa  312  4.999999999999999e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1563  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.28 
 
 
331 aa  308  6.999999999999999e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.117544  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 
339 aa  306  3e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0077711 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
334 aa  301  1e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  0.0603947 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
340 aa  300  2e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0135356  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
322 aa  299  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595689  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.03 
 
 
332 aa  299  5e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.837533  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33150  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  49.15 
 
 
336 aa  299  5e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.96599 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20490  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  47.12 
 
 
326 aa  296  4e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.086583  normal  0.344725 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
332 aa  295  5e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
320 aa  277  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.542171  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.45 
 
 
328 aa  277  2e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.999287 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
335 aa  276  3e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.245622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
317 aa  273  3e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
298 aa  271  2e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000858649  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
323 aa  267  2e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
304 aa  260  2e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
333 aa  260  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02840  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  42.95 
 
 
324 aa  260  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29230  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  40.31 
 
 
334 aa  258  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 
307 aa  257  1e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
326 aa  256  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
318 aa  256  5e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0126141  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17870  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  46.55 
 
 
327 aa  255  6e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.246834  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000374508  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
324 aa  251  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
308 aa  249  4e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.336984  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
324 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000161767  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0761  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  41.28 
 
 
316 aa  247  2e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000797199  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
330 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.293677  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
313 aa  245  9e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
312 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.3931  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
325 aa  242  5e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
326 aa  241  9e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
330 aa  235  7e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
326 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
327 aa  229  5e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
346 aa  227  2e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271716  normal  0.315175 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
315 aa  227  3e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
322 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0463053  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
318 aa  217  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
323 aa  216  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
326 aa  216  5e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.095702  normal  0.124231 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
320 aa  215  8e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000481644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
316 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0340422  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
339 aa  213  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00187301  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.24552  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
300 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.601892  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
331 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0705285 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1610  putative transport system integral membrane protein  36.72 
 
 
341 aa  204  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
350 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
310 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00295974  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
324 aa  202  6e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
305 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1292  transmembrane lipoprotein  35.6 
 
 
340 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.817448 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04190  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  34.77 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10090  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  35.62 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13600  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  36.1 
 
 
332 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.248364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05740  ABC-type polysaccharide transport system, permease component  36.16 
 
 
346 aa  191  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.767315  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
324 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1768  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
320 aa  188  1e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0555688  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
319 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
332 aa  182  7e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
288 aa  175  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000207262  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
335 aa  172  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
329 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.623467  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
478 aa  169  7e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000265018  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
292 aa  162  6e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0859971  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2339  ABC transporter, permease protein  31.97 
 
 
322 aa  155  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.552195  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
313 aa  149  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2051  sugar transport system (permease) (binding protein dependent transporter)  31.02 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
316 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
321 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
307 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 
333 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
309 aa  125  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
310 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.07 
 
 
316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.511569  normal  0.0740219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
322 aa  112  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.300337 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
298 aa  112  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
291 aa  110  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
315 aa  109  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488788  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
327 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.042733  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.77 
 
 
326 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
307 aa  107  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
320 aa  106  6e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495335  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>