80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1014 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 168 aa  340  7e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3814  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 158 aa  101  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618812  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4021  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 		 156 aa  93.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  63.33 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4913  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 445 aa  78.6  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759043  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3721  transciptional regulator  54.29 
 
 		 103 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4910  hypothetical protein  42.67 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0781  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0290139  normal  0.0967934 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4912  hypothetical protein  38.67 
 
 		 105 aa  70.5  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.888712  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1186  transciptional regulator  34.43 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000178331  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11998  hypothetical protein  25.64 
 
 		 454 aa  66.2  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.899904  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0574  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 164 aa  65.1  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0615681  hitchhiker  0.00000129991 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2481  hypothetical protein  40.58 
 
 		 92 aa  64.3  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2738  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3743  XRE family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 231 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0174083  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2845  hypothetical protein  48.21 
 
 		 142 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1414  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1448  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2138  XRE family transcriptional regulator  56 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1588  XRE family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0186285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2103  XRE family transcriptional regulator  56 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11993  hypothetical protein  40.28 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.318327  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2960  hypothetical protein  33.33 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.865336  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3015  hypothetical protein  33.33 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.116596  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3279  hypothetical protein  33.33 
 
 		 89 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.202854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2176  hypothetical protein  43.66 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0476608  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2490  hypothetical protein  31.4 
 
 		 90 aa  57  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1289  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.279078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03758  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4993  hypothetical protein  47.92 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2980  hypothetical protein  30.67 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00412022  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 94 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 91 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2357  hypothetical protein  36.14 
 
 		 91 aa  52.4  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1386  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 112 aa  52.4  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 91 aa  52.4  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5034  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 231 aa  50.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 117 aa  47.8  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3919  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 104 aa  47.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0248  hypothetical protein  32.29 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.512016  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0121  hypothetical protein  33.33 
 
 		 95 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 112 aa  45.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  45.1  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_130  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  33.33 
 
 		 95 aa  45.1  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00019339  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2821  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 181 aa  44.3  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0738374  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 273 aa  44.3  0.0009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 406 aa  43.9  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 223 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4909  hypothetical protein  31.31 
 
 		 122 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 130 aa  43.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0731  hypothetical protein  38.78 
 
 		 93 aa  42.4  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.871554  hitchhiker  0.000506327 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 130 aa  42.4  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7511  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 283 aa  42  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2538  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 145 aa  42  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0200677  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1368  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 189 aa  42  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000513137  normal  0.127219 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  43.4 
 
 		 206 aa  41.6  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 197 aa  41.6  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  35.71 
 
 		 60 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  30.88 
 
 		 264 aa  41.6  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  43.64 
 
 		 201 aa  41.6  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 113 aa  40.8  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 145 aa  41.2  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 195 aa  40.8  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 230 aa  40.8  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 90 aa  40.8  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 117 aa  40.8  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 197 aa  40.8  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 198 aa  40.4  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1994  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 167 aa  40.4  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.751072  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>