58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3721 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3721  transciptional regulator  100 
 
 		 103 aa  207  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  60.78 
 
 		 137 aa  105  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 168 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2845  hypothetical protein  52.73 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0781  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0290139  normal  0.0967934 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2738  XRE family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1414  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1448  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1588  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0186285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0574  XRE family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 164 aa  63.5  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0615681  hitchhiker  0.00000129991 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2138  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2103  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 231 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3814  transcriptional regulator, XRE family  51.72 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618812  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1186  transciptional regulator  52.38 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000178331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4021  transcriptional regulator, XRE family  52.83 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4993  hypothetical protein  49.02 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2176  hypothetical protein  51.61 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0476608  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3743  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0174083  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1386  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 112 aa  56.6  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5034  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03758  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3919  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1289  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.279078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2821  XRE family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0738374  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 406 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1368  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 189 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000513137  normal  0.127219 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02750  predicted transcriptional regulator  42.86 
 
 		 215 aa  44.7  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  38.89 
 
 		 233 aa  45.1  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  33.9 
 
 		 264 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 77 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  36.25 
 
 		 270 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 112 aa  42  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 77 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 737 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  42.31 
 
 		 206 aa  41.2  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.64 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2425  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 323 aa  40.8  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1177  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 321 aa  40.8  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 171 aa  40.8  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 217 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>