71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1368 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1368  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
189 aa  381  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000513137  normal  0.127219 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06790  hypothetical protein  44.88 
 
 
187 aa  121  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171424  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2821  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0738374  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4796  hypothetical protein  34.72 
 
 
130 aa  50.1  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000986952 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 
178 aa  49.7  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1588  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 
147 aa  48.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0186285  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 
806 aa  48.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4405  hypothetical protein  26.55 
 
 
122 aa  47.8  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.062557 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0781  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
164 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0290139  normal  0.0967934 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0386  hypothetical protein  30.58 
 
 
118 aa  47.4  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.955149  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0078  hypothetical protein  50 
 
 
123 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  40.68 
 
 
206 aa  46.6  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0084  hypothetical protein  33.33 
 
 
106 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00233464  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0270  hypothetical protein  32.79 
 
 
118 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.280793  hitchhiker  0.0000338917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3751  hypothetical protein  32.79 
 
 
118 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.855057  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0271  hypothetical protein  32.79 
 
 
118 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0335891  hitchhiker  0.000000928921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5293  hypothetical protein  34.17 
 
 
122 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.44714 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0282  hypothetical protein  31.2 
 
 
118 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.844677  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0274  hypothetical protein  31.2 
 
 
118 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5201  hypothetical protein  34.17 
 
 
122 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.402389  normal  0.38056 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0278  hypothetical protein  31.2 
 
 
118 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0281  hypothetical protein  31.2 
 
 
118 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.083962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0214  hypothetical protein  37.68 
 
 
122 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0079  hypothetical protein  31.88 
 
 
119 aa  45.4  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
528 aa  45.4  0.0005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3721  transciptional regulator  44.07 
 
 
103 aa  45.1  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1356  helix-turn-helix domain-containing protein  40.82 
 
 
321 aa  45.1  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00217094  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
181 aa  45.1  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
181 aa  45.1  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1362  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 
82 aa  44.7  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.172157  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  38.89 
 
 
181 aa  44.7  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0007  hypothetical protein  32.22 
 
 
127 aa  44.7  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146803  normal  0.457829 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3814  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
158 aa  44.3  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618812  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 
185 aa  44.3  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
116 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 
491 aa  43.9  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4034  hypothetical protein  29.57 
 
 
103 aa  43.9  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.714126  normal  0.124652 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
107 aa  44.3  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1289  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
136 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.279078  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12573  tRNA modification GTPase  40.74 
 
 
112 aa  43.9  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  32.79 
 
 
142 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3677  hypothetical protein  39.19 
 
 
137 aa  43.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.378815  normal  0.158939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3919  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
104 aa  42.7  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  37.31 
 
 
86 aa  42.7  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  29.76 
 
 
189 aa  42.4  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 
262 aa  42.4  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 
262 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  31.88 
 
 
262 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
168 aa  42  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0194  hypothetical protein  34.38 
 
 
159 aa  42  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.476438  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  31.88 
 
 
262 aa  42  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  31.15 
 
 
146 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4455  hypothetical protein  31.97 
 
 
118 aa  42  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4122  hypothetical protein  33.96 
 
 
116 aa  41.6  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 
117 aa  41.6  0.008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 
97 aa  41.2  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 
97 aa  41.6  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1506  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 
78 aa  41.2  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 
737 aa  41.2  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0574  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
164 aa  41.2  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0615681  hitchhiker  0.00000129991 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
205 aa  41.2  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  37.29 
 
 
137 aa  41.2  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 
89 aa  41.2  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>