63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1641 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  100 
 
 		 137 aa  275  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3721  transciptional regulator  60.78 
 
 		 103 aa  123  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2845  hypothetical protein  36.52 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2738  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 142 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1448  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1414  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0781  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 164 aa  67.4  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0290139  normal  0.0967934 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1186  transciptional regulator  54.29 
 
 		 212 aa  67  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000178331  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0574  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 164 aa  65.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0615681  hitchhiker  0.00000129991 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4993  hypothetical protein  54.9 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1588  XRE family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0186285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2103  XRE family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4021  transcriptional regulator, XRE family  49.25 
 
 		 156 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2138  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3743  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0174083  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3814  transcriptional regulator, XRE family  50.88 
 
 		 158 aa  62  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2176  hypothetical protein  46.38 
 
 		 198 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0476608  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1289  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.279078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5034  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1386  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3919  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03758  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 137 aa  50.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 406 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2821  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0738374  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 208 aa  47.4  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02750  predicted transcriptional regulator  41.94 
 
 		 215 aa  44.7  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  33.9 
 
 		 264 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  32.91 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 113 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 208 aa  42  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1789  hypothetical protein  32.43 
 
 		 321 aa  42  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  41.07 
 
 		 368 aa  41.6  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0422  transcriptional regulator  40 
 
 		 146 aa  41.2  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 217 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  41.82 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1368  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000513137  normal  0.127219 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  43.64 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  34.48 
 
 		 80 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 223 aa  40.8  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2033  transcriptional regulator, putative  48.72 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 359 aa  40.8  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 115 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7511  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 283 aa  40.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 210 aa  40.4  0.009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>