34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0781 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0781  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 164 aa  333  5.999999999999999e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0290139  normal  0.0967934 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1014  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3721  transciptional regulator  39.51 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 137 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2738  XRE family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4021  transcriptional regulator, XRE family  51.32 
 
 		 156 aa  62  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2845  hypothetical protein  57.14 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3814  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618812  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1448  XRE family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1414  XRE family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0574  XRE family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0615681  hitchhiker  0.00000129991 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1588  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0186285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2138  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 231 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4993  hypothetical protein  37.21 
 
 		 226 aa  50.8  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1186  transciptional regulator  37.23 
 
 		 212 aa  49.3  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000178331  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1289  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 136 aa  48.5  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.279078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2103  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 231 aa  48.5  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1368  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 189 aa  47.8  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000513137  normal  0.127219 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2821  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 181 aa  47.4  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0738374  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3743  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 231 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0174083  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03758  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 137 aa  46.6  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5034  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 231 aa  45.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2176  hypothetical protein  30.93 
 
 		 198 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0476608  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3919  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3098  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  43.64 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 114 aa  42.4  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  35.53 
 
 		 114 aa  42  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  35.53 
 
 		 114 aa  42  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06790  hypothetical protein  31.33 
 
 		 187 aa  41.2  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 123 aa  40.8  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 80 aa  40.4  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 212 aa  40.4  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 737 aa  40.4  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>