57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2773 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 718 aa  1469    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  45.16 
 
 		 736 aa  601  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  39.75 
 
 		 720 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  39.75 
 
 		 720 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  39.06 
 
 		 723 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  39.28 
 
 		 720 aa  481  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  40.61 
 
 		 720 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  37.99 
 
 		 720 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  37.85 
 
 		 720 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  37.71 
 
 		 720 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  37.71 
 
 		 720 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  34.12 
 
 		 718 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  34.96 
 
 		 718 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  32.83 
 
 		 723 aa  378  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  33.75 
 
 		 716 aa  369  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  34.94 
 
 		 714 aa  360  5e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1060 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  24.27 
 
 		 828 aa  73.6  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  20.94 
 
 		 782 aa  65.5  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.34 
 
 		 991 aa  63.9  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  23.99 
 
 		 626 aa  63.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  24.46 
 
 		 1550 aa  60.1  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  23.08 
 
 		 1147 aa  59.3  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0030  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.42 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  26.7 
 
 		 2145 aa  57.8  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  21.14 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1261 aa  56.6  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0697  hypothetical protein  21.54 
 
 		 743 aa  55.8  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.419028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 		 1025 aa  55.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  21.54 
 
 		 1313 aa  54.7  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  22.33 
 
 		 1238 aa  53.9  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  22.05 
 
 		 985 aa  53.5  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  24.16 
 
 		 1404 aa  52.8  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  20.51 
 
 		 957 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_002950  PG1432  sensor histidine kinase  23.08 
 
 		 621 aa  50.8  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.197546 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0118  signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 		 774 aa  50.4  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.844509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  20.33 
 
 		 1048 aa  50.4  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02383  response regulator  24.71 
 
 		 655 aa  49.7  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 760 aa  49.7  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  22.07 
 
 		 714 aa  49.7  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0415  histidine kinase  21.57 
 
 		 600 aa  48.9  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  25.56 
 
 		 755 aa  48.9  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1101 aa  49.3  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0044  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  20.08 
 
 		 1360 aa  48.9  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0143745  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1063 aa  48.5  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_43236  predicted protein  22.55 
 
 		 1452 aa  48.1  0.0006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.466991  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  22.83 
 
 		 695 aa  48.1  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  22.16 
 
 		 631 aa  46.2  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  25.41 
 
 		 438 aa  46.2  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 659 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  21.15 
 
 		 667 aa  45.4  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47465  predicted protein  25.71 
 
 		 731 aa  45.1  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3487  serine/threonine protein kinase  20.18 
 
 		 1341 aa  45.4  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  26.35 
 
 		 1266 aa  45.4  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  24.62 
 
 		 628 aa  45.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  27.07 
 
 		 809 aa  45.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3130  TPR repeat-containing protein  31.53 
 
 		 408 aa  44.3  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180384 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>