64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2417 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 716 aa  1459    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  40 
 
 		 720 aa  498  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  40.42 
 
 		 720 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  40.42 
 
 		 720 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  38.77 
 
 		 723 aa  488  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 718 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  39.5 
 
 		 720 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  39.3 
 
 		 720 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  39.24 
 
 		 720 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  39.08 
 
 		 720 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  39.86 
 
 		 720 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  38.92 
 
 		 718 aa  452  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  33.33 
 
 		 723 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  35.02 
 
 		 736 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  34.35 
 
 		 718 aa  388  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 		 714 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.89 
 
 		 991 aa  74.7  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  22.96 
 
 		 1060 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  23.08 
 
 		 828 aa  64.3  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.64 
 
 		 1279 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 		 412 aa  62  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  24.89 
 
 		 1404 aa  61.2  0.00000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  21.66 
 
 		 695 aa  58.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  26.03 
 
 		 782 aa  58.2  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  28.66 
 
 		 1550 aa  57.8  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  22.7 
 
 		 714 aa  57.8  0.0000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  27.11 
 
 		 1261 aa  57  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 		 949 aa  55.1  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  27.98 
 
 		 2145 aa  55.1  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  25.58 
 
 		 1025 aa  54.7  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0614  HI0933 family protein  27.4 
 
 		 1228 aa  53.9  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.688496 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  22.41 
 
 		 1238 aa  53.5  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  21.35 
 
 		 1063 aa  53.9  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 		 760 aa  53.1  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  26.67 
 
 		 957 aa  53.1  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3995  putative transcriptional regulator  25.83 
 
 		 658 aa  52.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.480395  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  22.47 
 
 		 1147 aa  52  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0283  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 		 854 aa  52  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  28.68 
 
 		 913 aa  52  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.83 
 
 		 852 aa  51.2  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  22.77 
 
 		 775 aa  50.8  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4791  hypothetical protein  25.42 
 
 		 720 aa  50.1  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  22.12 
 
 		 962 aa  50.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1768  TPR repeat-containing protein  21.25 
 
 		 923 aa  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.706396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  26.26 
 
 		 928 aa  49.7  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3865  TPR repeat protein  30.11 
 
 		 503 aa  49.7  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  22.79 
 
 		 650 aa  49.3  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  25.22 
 
 		 985 aa  47.8  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  23.7 
 
 		 919 aa  47.8  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  28.85 
 
 		 2413 aa  47  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0697  hypothetical protein  27.27 
 
 		 743 aa  46.6  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.419028  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  19.2 
 
 		 1313 aa  46.2  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  20.97 
 
 		 1266 aa  45.8  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  23.62 
 
 		 965 aa  45.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  22.1 
 
 		 971 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2102  histidine kinase  27.7 
 
 		 616 aa  45.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  23.78 
 
 		 438 aa  45.4  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  26.1 
 
 		 343 aa  45.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 1048 aa  45.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.95 
 
 		 609 aa  44.3  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 659 aa  44.3  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  24.64 
 
 		 915 aa  44.7  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  22.54 
 
 		 809 aa  44.3  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.04 
 
 		 636 aa  43.9  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>