50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2753 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
718 aa  1471    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  43.34 
 
 
718 aa  595  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  42.33 
 
 
723 aa  532  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  42.44 
 
 
714 aa  525  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  41.86 
 
 
720 aa  524  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  41.86 
 
 
720 aa  522  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  41.67 
 
 
720 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  39.61 
 
 
720 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  40 
 
 
720 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  39.92 
 
 
720 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  39.61 
 
 
720 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  41.26 
 
 
720 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  38.11 
 
 
723 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  38.92 
 
 
716 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  35.93 
 
 
718 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  35.46 
 
 
736 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  27.64 
 
 
695 aa  78.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  29.38 
 
 
1025 aa  67.8  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  22.33 
 
 
782 aa  63.9  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 
1060 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.09 
 
 
991 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  31.58 
 
 
2145 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  26.59 
 
 
1261 aa  60.8  0.00000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  23.94 
 
 
985 aa  57.8  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 
438 aa  56.6  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  24.29 
 
 
828 aa  53.9  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
714 aa  53.9  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  27.61 
 
 
809 aa  52  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  20.4 
 
 
1238 aa  52.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 
760 aa  51.2  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  23.94 
 
 
1147 aa  50.8  0.00009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.2 
 
 
636 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  24.58 
 
 
628 aa  48.9  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.66 
 
 
1279 aa  48.5  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  27.95 
 
 
636 aa  48.5  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1562  TPR repeat-containing protein  29.56 
 
 
1162 aa  47.4  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  22.54 
 
 
650 aa  47.8  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.41 
 
 
852 aa  47.4  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0636  transcriptional activator  29.29 
 
 
423 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
412 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1586  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.33 
 
 
1162 aa  45.8  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.206624 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  24.41 
 
 
631 aa  45.8  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  24.89 
 
 
1550 aa  45.1  0.004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  23.86 
 
 
343 aa  45.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1356  beta-lactamase domain-containing protein  23.25 
 
 
833 aa  45.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  22.13 
 
 
1048 aa  44.7  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1051  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 
792 aa  44.7  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  25.12 
 
 
790 aa  44.3  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 
600 aa  44.7  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  18.94 
 
 
1063 aa  44.7  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>