49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3457 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  53.75 
 
 		 718 aa  778    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 714 aa  1455    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  42.44 
 
 		 718 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  40.11 
 
 		 720 aa  521  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 		 720 aa  515  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 		 720 aa  515  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  40.31 
 
 		 720 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 723 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  38.12 
 
 		 720 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  37.83 
 
 		 720 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  38.29 
 
 		 720 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  37.83 
 
 		 720 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  37.15 
 
 		 723 aa  465  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  35.34 
 
 		 716 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  34.92 
 
 		 718 aa  392  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  34.07 
 
 		 736 aa  392  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.68 
 
 		 991 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 1060 aa  65.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  19.63 
 
 		 782 aa  62.4  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  24.54 
 
 		 1238 aa  61.6  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  26.75 
 
 		 828 aa  60.1  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.51 
 
 		 1279 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0461  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.14 
 
 		 1195 aa  57.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 		 1261 aa  55.1  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  23.43 
 
 		 1266 aa  55.1  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  23.11 
 
 		 949 aa  53.1  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1092  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 425 aa  50.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 628 aa  49.7  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  31.93 
 
 		 2145 aa  48.9  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3205  hypothetical protein  31.51 
 
 		 562 aa  48.5  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000812064 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3442  hypothetical protein  31.51 
 
 		 562 aa  48.5  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.175403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  24.91 
 
 		 438 aa  48.5  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  24.66 
 
 		 714 aa  47.8  0.0007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  26.9 
 
 		 919 aa  47.8  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  24.22 
 
 		 961 aa  47.4  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  23.43 
 
 		 928 aa  47  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2514  tetratricopeptide TPR_2  27.01 
 
 		 561 aa  47  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0820  hypothetical protein  25.74 
 
 		 1212 aa  46.2  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.826533 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1844  adenylate/guanylate cyclase  22.41 
 
 		 1153 aa  46.6  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  24.9 
 
 		 695 aa  46.2  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  23.81 
 
 		 600 aa  45.8  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  25.36 
 
 		 1025 aa  45.8  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4845  putative signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 		 568 aa  45.8  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.415309  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  27.08 
 
 		 957 aa  45.4  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.52 
 
 		 760 aa  45.4  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  26.95 
 
 		 667 aa  44.7  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0283  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 		 854 aa  44.3  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38879  predicted protein  27.78 
 
 		 807 aa  44.3  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.192146  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.64 
 
 		 636 aa  44.3  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>