44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2555 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 736 aa  1496    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  45.16 
 
 		 718 aa  611  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  40.17 
 
 		 720 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  40.4 
 
 		 720 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  40.25 
 
 		 720 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  39.02 
 
 		 723 aa  491  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  37.82 
 
 		 720 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  40.57 
 
 		 720 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  37.77 
 
 		 720 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  37.77 
 
 		 720 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  38.11 
 
 		 720 aa  482  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  34.85 
 
 		 718 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  35.79 
 
 		 718 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  35.29 
 
 		 716 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  33.88 
 
 		 714 aa  374  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  32.37 
 
 		 723 aa  347  5e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  23.47 
 
 		 1060 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  25.52 
 
 		 828 aa  57.4  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  21.07 
 
 		 782 aa  56.2  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.81 
 
 		 991 aa  53.5  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1562  TPR repeat-containing protein  21.46 
 
 		 1162 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  21.56 
 
 		 1261 aa  52  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  21.67 
 
 		 1238 aa  51.6  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26 
 
 		 1279 aa  51.6  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1586  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.46 
 
 		 1162 aa  51.6  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.206624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 		 343 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  25.5 
 
 		 809 aa  50.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  22.94 
 
 		 1526 aa  49.7  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  24.07 
 
 		 628 aa  49.7  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  23.26 
 
 		 1025 aa  49.3  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  26.87 
 
 		 2145 aa  48.9  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_002950  PG1432  sensor histidine kinase  24.06 
 
 		 621 aa  48.9  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.197546 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0415  histidine kinase  22.29 
 
 		 600 aa  48.1  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  23.29 
 
 		 412 aa  48.1  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  20.98 
 
 		 1266 aa  47.8  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 659 aa  47.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0423  transcriptional regulator/TPR domain protein, putative  22.41 
 
 		 427 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  26.67 
 
 		 657 aa  45.8  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  19.39 
 
 		 1063 aa  45.8  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  23.08 
 
 		 714 aa  45.4  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  21.48 
 
 		 985 aa  45.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  27.84 
 
 		 1404 aa  45.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 1048 aa  45.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  23.18 
 
 		 695 aa  44.3  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>