166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2288 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2288  cytidine deaminase  100 
 
 		 297 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1637  cytidine deaminase  77.29 
 
 		 298 aa  478  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0331465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2663  cytidine deaminase  78.64 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.188669  hitchhiker  0.00444522 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1694  cytidine deaminase  78.64 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1679  cytidine deaminase  78.64 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1716  cytidine deaminase  78.64 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.483495  normal  0.127463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2411  cytidine deaminase  79.32 
 
 		 296 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0893764  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2791  cytidine deaminase  78.31 
 
 		 296 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2481  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580648  normal  0.218943 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2573  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  463  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.07896  normal  0.387451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1568  cytidine deaminase  78.31 
 
 		 296 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.635046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2618  cytidine deaminase  75.68 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00439525  hitchhiker  0.00000194898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2048  cytidine deaminase  76.95 
 
 		 296 aa  448  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00991074  normal  0.0337904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1610  cytidine deaminase  75.59 
 
 		 296 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000173309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1974  cytidine deaminase  73.56 
 
 		 296 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.267602  hitchhiker  0.00286286 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2488  cytidine deaminase  74.66 
 
 		 296 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0852  cytidine deaminase  46.13 
 
 		 295 aa  261  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.344916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02116  cytidine deaminase  45.07 
 
 		 295 aa  258  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003699  cytidine deaminase  44.01 
 
 		 295 aa  254  8e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1684  cytidine deaminase  47.14 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.244937  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1257  cytidine deaminase  43.39 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2462  cytidine deaminase  46.76 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3023  cytidine deaminase  46.76 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.676116  normal  0.0127586 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2561  cytidine deaminase  46.76 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37511  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2545  cytidine deaminase  45.92 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2530  cytidine deaminase  43.54 
 
 		 294 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2746  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2422  cytidine deaminase  43.54 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2418  cytidine deaminase  43.54 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2329  cytidine deaminase  43.54 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2373  cytidine deaminase  43.54 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1495  cytidine deaminase  43.73 
 
 		 296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2438  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02072  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1515  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02031  hypothetical protein  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2277  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2290  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582387 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0828  cytidine deaminase  45.15 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1505  cytidine deaminase  44.82 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3275  cytidine deaminase  44.82 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.933628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2970  cytidine deaminase  44.44 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2449  cytidine deaminase  45.61 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1568  cytidine deaminase  41.98 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.831759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_6240  predicted protein  38.22 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  37.5 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1969  cytidine deaminase  34.11 
 
 		 139 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0146  cytidine deaminase  34.38 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  40.86 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3340  cytidine deaminase  34.4 
 
 		 152 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.568351 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  35.16 
 
 		 139 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39066  predicted protein  33.85 
 
 		 151 aa  58.2  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1777  cytidine deaminase  37.96 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.172773  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  36.94 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1386  cytidine deaminase  32.73 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.67349  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  32.58 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1794  cytidine deaminase  35.85 
 
 		 133 aa  55.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000395488  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0998  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 138 aa  54.7  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.349207  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0511  cytidine deaminase  32.46 
 
 		 139 aa  54.3  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  34.65 
 
 		 140 aa  53.5  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  33.64 
 
 		 127 aa  53.1  0.000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2234  cytidine deaminase  33.93 
 
 		 125 aa  52.4  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.561027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0511  cytidine deaminase  33.73 
 
 		 146 aa  51.6  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0763  cytidine deaminase, homotetrameric  33.07 
 
 		 151 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.499923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1507  cytidine deaminase  33.03 
 
 		 134 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.492073  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0331  cytidine deaminase  30.91 
 
 		 131 aa  52  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4276  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 139 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  32.58 
 
 		 132 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  36.19 
 
 		 127 aa  51.6  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3945  cytidine deaminase  33.94 
 
 		 136 aa  51.2  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.98121  hitchhiker  0.00191304 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0739  cytidine deaminase  37.35 
 
 		 137 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4174  cytidine deaminase  31.9 
 
 		 129 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0262  cytidine deaminase  33.04 
 
 		 130 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1838  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 144 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25720  cytidine deaminase  35.19 
 
 		 136 aa  50.8  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1626  cytidine deaminase  30.97 
 
 		 134 aa  50.4  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4396  cytidine deaminase  38.55 
 
 		 136 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1660  cytidine deaminase  30.97 
 
 		 134 aa  50.4  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1135  cytidine deaminase  33.04 
 
 		 134 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0939  cytidine deaminase  33.73 
 
 		 133 aa  50.4  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.743414  normal  0.851216 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1273  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1001  cytidine deaminase  32.11 
 
 		 137 aa  50.4  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  32.23 
 
 		 131 aa  50.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3655  cytidine deaminase  31.78 
 
 		 131 aa  49.7  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2223  cytidine deaminase  41.56 
 
 		 131 aa  50.1  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1582  cytidine deaminase  34.19 
 
 		 138 aa  50.1  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.993126  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05430  cytidine deaminase  32.41 
 
 		 134 aa  50.1  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.764877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  33.03 
 
 		 132 aa  49.7  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 138 aa  49.3  0.00007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1469  cytidine deaminase  36.47 
 
 		 388 aa  49.3  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.127234  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1779  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 133 aa  48.5  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.713344  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1978  cytidine deaminase  32.74 
 
 		 131 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00152916  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1024  cytidine deaminase  32.41 
 
 		 145 aa  47.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6450  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.48 
 
 		 147 aa  47.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0145  cytidine deaminase  36.44 
 
 		 145 aa  47.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4462  cytidine deaminase  30.17 
 
 		 129 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238856  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0025  cytidine deaminase  32.23 
 
 		 134 aa  48.1  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00901236 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0818  cytidine deaminase  34.51 
 
 		 132 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000529216  decreased coverage  5.58138e-23 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0968  cytidine deaminase  34.26 
 
 		 132 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.365904  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1706  cytidine deaminase  32.14 
 
 		 131 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000355072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>