160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2561 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2462  cytidine deaminase  100 
 
 
294 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3023  cytidine deaminase  100 
 
 
294 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.676116  normal  0.0127586 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2561  cytidine deaminase  100 
 
 
294 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1568  cytidine deaminase  70.41 
 
 
294 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.831759  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2530  cytidine deaminase  66.44 
 
 
294 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2373  cytidine deaminase  66.78 
 
 
294 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2418  cytidine deaminase  66.78 
 
 
294 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2422  cytidine deaminase  66.78 
 
 
294 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2329  cytidine deaminase  67.12 
 
 
294 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2746  cytidine deaminase  65.41 
 
 
294 aa  359  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02072  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1515  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2277  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2438  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02031  hypothetical protein  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2290  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00582387 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0828  cytidine deaminase  65.07 
 
 
294 aa  352  4e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1505  cytidine deaminase  64.73 
 
 
294 aa  350  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3275  cytidine deaminase  64.73 
 
 
294 aa  348  8e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.933628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2545  cytidine deaminase  63.57 
 
 
295 aa  345  6e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2970  cytidine deaminase  61.72 
 
 
296 aa  337  9.999999999999999e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1495  cytidine deaminase  62.07 
 
 
296 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2449  cytidine deaminase  64.04 
 
 
294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0852  cytidine deaminase  51.76 
 
 
295 aa  299  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.344916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02116  cytidine deaminase  51.06 
 
 
295 aa  292  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003699  cytidine deaminase  49.3 
 
 
295 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1684  cytidine deaminase  51.76 
 
 
302 aa  275  6e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.244937  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1257  cytidine deaminase  54.32 
 
 
303 aa  263  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2618  cytidine deaminase  47.46 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00439525  hitchhiker  0.00000194898 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2573  cytidine deaminase  45.42 
 
 
296 aa  236  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.07896  normal  0.387451 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2288  cytidine deaminase  46.76 
 
 
297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2411  cytidine deaminase  45.42 
 
 
296 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0893764  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1974  cytidine deaminase  48.11 
 
 
296 aa  235  7e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.267602  hitchhiker  0.00286286 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1694  cytidine deaminase  45.61 
 
 
296 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1679  cytidine deaminase  45.61 
 
 
296 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2663  cytidine deaminase  45.61 
 
 
296 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.188669  hitchhiker  0.00444522 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1716  cytidine deaminase  45.61 
 
 
296 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.483495  normal  0.127463 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1637  cytidine deaminase  46.07 
 
 
298 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0331465  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2048  cytidine deaminase  44.9 
 
 
296 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00991074  normal  0.0337904 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2481  cytidine deaminase  47.57 
 
 
296 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580648  normal  0.218943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1610  cytidine deaminase  44.86 
 
 
296 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000173309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2791  cytidine deaminase  44.75 
 
 
296 aa  231  9e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1568  cytidine deaminase  44.75 
 
 
296 aa  230  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.635046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2488  cytidine deaminase  43 
 
 
296 aa  228  9e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_6240  predicted protein  39.19 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1779  cytidine deaminase  38.94 
 
 
133 aa  63.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.713344  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  31.33 
 
 
138 aa  63.2  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  38.33 
 
 
131 aa  61.6  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  36.44 
 
 
135 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1969  cytidine deaminase  36.75 
 
 
139 aa  59.3  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0331  cytidine deaminase  35.65 
 
 
131 aa  59.3  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  35.34 
 
 
139 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  34.82 
 
 
127 aa  57  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39066  predicted protein  31.93 
 
 
151 aa  56.2  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13346  cytidine deaminase  39.32 
 
 
133 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.19995 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0511  cytidine deaminase  30.77 
 
 
139 aa  55.1  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  32.59 
 
 
132 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1777  cytidine deaminase  36.67 
 
 
135 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.172773  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1386  cytidine deaminase  34.65 
 
 
133 aa  53.9  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.67349  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4276  cytidine deaminase  35.9 
 
 
139 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1068  cytidine deaminase  31.75 
 
 
128 aa  53.5  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0407  cytidine deaminase  35.04 
 
 
135 aa  53.5  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1135  cytidine deaminase  29.46 
 
 
134 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  39.29 
 
 
138 aa  52.8  0.000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  34.19 
 
 
140 aa  52.4  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4843  cytidine deaminase  37.17 
 
 
140 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2234  cytidine deaminase  34.55 
 
 
125 aa  52  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.561027  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  31.58 
 
 
132 aa  52  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1248  cytidine deaminase  36.44 
 
 
138 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.616875  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1590  cytidine deaminase  35.59 
 
 
140 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0598974  normal  0.451695 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1257  cytidine deaminase  36.44 
 
 
138 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0081  cytidine deaminase  34.82 
 
 
132 aa  51.6  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000436242  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1626  cytidine deaminase  28.57 
 
 
134 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4396  cytidine deaminase  36.36 
 
 
136 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.300415  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1660  cytidine deaminase  28.57 
 
 
134 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3340  cytidine deaminase  34.48 
 
 
152 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.568351 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  35.96 
 
 
135 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0939  cytidine deaminase  31.03 
 
 
133 aa  50.8  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.743414  normal  0.851216 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2223  cytidine deaminase  32.28 
 
 
131 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1582  cytidine deaminase  33.33 
 
 
138 aa  50.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.993126  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1231  cytidine deaminase  36.44 
 
 
158 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.216386  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1988  cytidine deaminase  32.48 
 
 
132 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1835  cytidine deaminase  32.2 
 
 
137 aa  50.1  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2273  cytidine deaminase  31.4 
 
 
132 aa  50.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1469  cytidine deaminase  34.82 
 
 
388 aa  50.1  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.127234  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04940  cytidine deaminase, putative  29.55 
 
 
138 aa  49.7  0.00006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0896337  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0739  cytidine deaminase  39.24 
 
 
137 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  33.62 
 
 
132 aa  49.3  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0599  cytidine deaminase  34.55 
 
 
129 aa  49.3  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3945  cytidine deaminase  35.14 
 
 
136 aa  49.3  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.98121  hitchhiker  0.00191304 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0763  cytidine deaminase, homotetrameric  33.33 
 
 
151 aa  49.3  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.499923  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  31.19 
 
 
127 aa  49.3  0.00008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3099  cytidine deaminase  33.04 
 
 
138 aa  49.3  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.296617 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0828  cytidine deaminase  33.62 
 
 
144 aa  48.9  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.78081  normal  0.682959 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2480  cytidine deaminase  32.17 
 
 
142 aa  48.9  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548526  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4381  cytidine deaminase  33.62 
 
 
132 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00104367  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0145  cytidine deaminase  32.79 
 
 
145 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1508  cytidine deaminase  33.05 
 
 
129 aa  48.9  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1838  cytidine deaminase  33.66 
 
 
144 aa  48.5  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4152  cytidine deaminase  34.48 
 
 
132 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000232365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>