169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1495 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1495  cytidine deaminase  100 
 
 		 296 aa  610  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2970  cytidine deaminase  89.19 
 
 		 296 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2545  cytidine deaminase  66.9 
 
 		 295 aa  368  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2462  cytidine deaminase  62.07 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3023  cytidine deaminase  62.07 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.676116  normal  0.0127586 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2561  cytidine deaminase  62.07 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1568  cytidine deaminase  63.32 
 
 		 294 aa  346  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.831759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2449  cytidine deaminase  63.73 
 
 		 294 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2530  cytidine deaminase  57.93 
 
 		 294 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2422  cytidine deaminase  58.28 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2418  cytidine deaminase  58.28 
 
 		 294 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2373  cytidine deaminase  58.28 
 
 		 294 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2329  cytidine deaminase  57.93 
 
 		 294 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2746  cytidine deaminase  56.46 
 
 		 294 aa  315  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02072  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1515  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02031  hypothetical protein  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2277  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1505  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2290  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582387 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0828  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2438  cytidine deaminase  57.24 
 
 		 294 aa  308  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3275  cytidine deaminase  56.9 
 
 		 294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.933628 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0852  cytidine deaminase  51.6 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.344916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02116  cytidine deaminase  51.06 
 
 		 295 aa  291  6e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003699  cytidine deaminase  50.35 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1684  cytidine deaminase  53.52 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.244937  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1257  cytidine deaminase  50.88 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1610  cytidine deaminase  44.75 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000173309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2488  cytidine deaminase  44.75 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2618  cytidine deaminase  44.33 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00439525  hitchhiker  0.00000194898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2048  cytidine deaminase  43.73 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00991074  normal  0.0337904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1974  cytidine deaminase  43.05 
 
 		 296 aa  225  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.267602  hitchhiker  0.00286286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2288  cytidine deaminase  43.73 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2481  cytidine deaminase  41.69 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580648  normal  0.218943 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2411  cytidine deaminase  41.69 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0893764  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2791  cytidine deaminase  41.69 
 
 		 296 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2573  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.07896  normal  0.387451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1568  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.635046  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2663  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.188669  hitchhiker  0.00444522 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1694  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1679  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1716  cytidine deaminase  41.36 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.483495  normal  0.127463 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1637  cytidine deaminase  39.32 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0331465  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_6240  predicted protein  40.08 
 
 		 243 aa  163  3e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4276  cytidine deaminase  39.29 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1969  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 139 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  39.32 
 
 		 131 aa  60.8  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  38.39 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0331  cytidine deaminase  31.9 
 
 		 131 aa  57.4  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6091  cytidine deaminase  38.05 
 
 		 143 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  36.84 
 
 		 135 aa  57.4  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  32.2 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3340  cytidine deaminase  37.93 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.568351 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1988  cytidine deaminase  33.05 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2273  cytidine deaminase  33.05 
 
 		 132 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  36.36 
 
 		 138 aa  53.9  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0407  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 135 aa  53.9  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39066  predicted protein  28.81 
 
 		 151 aa  53.1  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0511  cytidine deaminase  26.5 
 
 		 139 aa  53.5  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  31.36 
 
 		 132 aa  52.8  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  35.9 
 
 		 135 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1779  cytidine deaminase  35.96 
 
 		 133 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.713344  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1838  cytidine deaminase  34.45 
 
 		 144 aa  51.2  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  34.48 
 
 		 140 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  33.94 
 
 		 127 aa  51.2  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1001  cytidine deaminase  32.17 
 
 		 137 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0146  cytidine deaminase  34.15 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1135  cytidine deaminase  34.75 
 
 		 134 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2234  cytidine deaminase  34.86 
 
 		 125 aa  50.4  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.561027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1469  cytidine deaminase  35.71 
 
 		 388 aa  50.8  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.127234  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1068  cytidine deaminase  39.02 
 
 		 128 aa  50.8  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1508  cytidine deaminase  32.74 
 
 		 129 aa  50.8  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  31.5 
 
 		 139 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1214  cytidine deaminase  35.96 
 
 		 133 aa  50.4  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000278122 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0081  cytidine deaminase  38.1 
 
 		 132 aa  50.1  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000436242  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04930  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 143 aa  49.7  0.00005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0145  cytidine deaminase  35.77 
 
 		 145 aa  49.7  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1141  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 145 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.546958  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0081  cytidine deaminase  38.1 
 
 		 132 aa  50.1  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000394049  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2761  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 135 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  32.76 
 
 		 132 aa  49.3  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1386  cytidine deaminase  31.9 
 
 		 133 aa  49.3  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.67349  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0939  cytidine deaminase  29.66 
 
 		 133 aa  48.5  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.743414  normal  0.851216 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1582  cytidine deaminase  31.15 
 
 		 138 aa  48.5  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.993126  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0025  cytidine deaminase  32.23 
 
 		 134 aa  48.5  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00901236 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1024  cytidine deaminase  35.4 
 
 		 145 aa  48.1  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0828  cytidine deaminase  31.72 
 
 		 144 aa  48.1  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.78081  normal  0.682959 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0968  cytidine deaminase  35.34 
 
 		 132 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.365904  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1777  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 135 aa  47.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.172773  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3945  cytidine deaminase  35.14 
 
 		 136 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.98121  hitchhiker  0.00191304 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1835  cytidine deaminase  34.19 
 
 		 137 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0754  cytidine deaminase  31.36 
 
 		 175 aa  47.8  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1390  hypothetical protein  29.46 
 
 		 131 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1606  hypothetical protein  29.46 
 
 		 131 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1356  cytidine deaminase  33.9 
 
 		 132 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3099  cytidine deaminase  30.36 
 
 		 138 aa  47.8  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.296617 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1286  cytidine deaminase, homotetrameric  37.8 
 
 		 149 aa  47  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.887812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0510  cytidine deaminase  32.77 
 
 		 142 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>