More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2199 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.66 
 
 
582 aa  658    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1668  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.2 
 
 
602 aa  1016    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  80.73 
 
 
602 aa  1010    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2802  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  82.17 
 
 
601 aa  1024    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.57 
 
 
582 aa  659    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  53.23 
 
 
582 aa  654    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.23 
 
 
582 aa  651    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1337  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  75.42 
 
 
599 aa  931    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.870575 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.04 
 
 
582 aa  637    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.04 
 
 
582 aa  637    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
597 aa  642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
582 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1705  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.2 
 
 
602 aa  1016    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.433379  normal  0.881057 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
582 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1638  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  71.64 
 
 
604 aa  904    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  76.9 
 
 
607 aa  969    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1819  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  75.29 
 
 
604 aa  928    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.372613  normal  0.63467 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
582 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2199  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  100 
 
 
600 aa  1228    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.89 
 
 
583 aa  644    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  53.06 
 
 
582 aa  664    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.04 
 
 
582 aa  637    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.83 
 
 
601 aa  1021    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.83 
 
 
601 aa  1021    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  84.33 
 
 
600 aa  1060    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.03 
 
 
602 aa  1014    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  53.57 
 
 
582 aa  646    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.97 
 
 
600 aa  1025    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1683  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  81.2 
 
 
602 aa  1016    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
582 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.72 
 
 
582 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  76.62 
 
 
604 aa  963    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  52.13 
 
 
583 aa  634  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  51.53 
 
 
582 aa  634  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  55.49 
 
 
582 aa  627  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  49.68 
 
 
602 aa  624  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1780  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  52.8 
 
 
585 aa  620  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0810264  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0735  lipid transporter ATP-binding/permease protein  50.67 
 
 
582 aa  618  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  52.85 
 
 
582 aa  607  9.999999999999999e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.2758  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  45.17 
 
 
597 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.49 
 
 
587 aa  551  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.41 
 
 
590 aa  535  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1094  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  44.39 
 
 
588 aa  522  1e-147  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  44.05 
 
 
596 aa  516  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.02 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  44.41 
 
 
579 aa  512  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.56 
 
 
596 aa  510  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2774  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  42.01 
 
 
590 aa  507  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.41147  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  43.62 
 
 
603 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.59 
 
 
589 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66080  transport protein MsbA  42.62 
 
 
603 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.43 
 
 
613 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4984  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  44.65 
 
 
624 aa  492  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43.8 
 
 
579 aa  491  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4984  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.09 
 
 
602 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1782  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43.12 
 
 
588 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0481  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43.59 
 
 
600 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0531  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.76 
 
 
603 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.140782 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4935  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  42.6 
 
 
602 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.302825  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1783  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  42.78 
 
 
588 aa  481  1e-134  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.6 
 
 
602 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.76 
 
 
606 aa  475  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0536  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  43.8 
 
 
600 aa  477  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.742929 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.57 
 
 
605 aa  477  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.33 
 
 
583 aa  478  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.64 
 
 
601 aa  473  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.91 
 
 
581 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1398  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.11 
 
 
582 aa  468  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.94 
 
 
585 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.37 
 
 
574 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44710  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  42.4 
 
 
596 aa  458  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3812  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.06 
 
 
610 aa  458  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.54 
 
 
574 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1728  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.93 
 
 
601 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2763  transport ATP-binding protein msbA  40.88 
 
 
590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.714351  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1316  lipid/multidrug ABC transporter MsbA ATPase and inner membrane domains  40.24 
 
 
595 aa  445  1e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266622  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0353  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.46 
 
 
582 aa  445  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.693994  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0389  ABC transporter ATP-binding protein  39.46 
 
 
582 aa  444  1e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00588  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  41.29 
 
 
569 aa  443  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.232531  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  38.95 
 
 
592 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.56 
 
 
594 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.57 
 
 
610 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  39.97 
 
 
586 aa  436  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1062  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.21 
 
 
598 aa  435  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43 
 
 
581 aa  431  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.28 
 
 
597 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.51 
 
 
597 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3290  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  38.32 
 
 
597 aa  425  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.26 
 
 
594 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.09 
 
 
587 aa  420  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1045  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  38.51 
 
 
596 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378722  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.61 
 
 
583 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>