150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3337 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3337  hypothetical protein  100 
 
 		 466 aa  964    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1208  putative signal transduction protein  87.77 
 
 		 488 aa  852    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00549389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1279  putative signal transduction protein  87.98 
 
 		 488 aa  854    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.013927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1209  putative signal transduction protein  89.06 
 
 		 488 aa  862    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1353  putative signal transduction protein  77.19 
 
 		 491 aa  752    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000653082  unclonable  0.00000000000231151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3010  putative signal transduction protein  76.1 
 
 		 451 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0105038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3025  putative signal transduction protein  76.97 
 
 		 491 aa  752    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00183954  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3168  putative signal transduction protein  77.83 
 
 		 491 aa  760    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00384337  unclonable  0.00000465328 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2379  putative signal transduction protein  59.74 
 
 		 488 aa  571  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1247  hypothetical protein  57.17 
 
 		 489 aa  547  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1277  putative signal transduction protein  55.46 
 
 		 482 aa  541  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1103  putative signal transduction protein  58.46 
 
 		 484 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1529  putative signal transduction protein  56.93 
 
 		 494 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.977426  normal  0.03285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1416  putative signal transduction protein  55.03 
 
 		 493 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1291  putative signal transduction protein  52.89 
 
 		 491 aa  502  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1009  hypothetical protein  31.05 
 
 		 486 aa  248  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26696  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2062  putative signal transduction protein  30.69 
 
 		 480 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.100878 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0557  putative signal transduction protein  30.87 
 
 		 477 aa  203  5e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2025  putative signal transduction protein  26.81 
 
 		 476 aa  177  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0465595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0250  putative signal transduction protein  26.96 
 
 		 470 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.889459  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1602  protein kinase:GAF  25.26 
 
 		 790 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.711215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0100  signal transduction protein  34.34 
 
 		 546 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114046  normal  0.288231 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1364  serine/threonine protein kinase  23.38 
 
 		 790 aa  92  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.498929  normal  0.194256 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2728  serine/threonine protein kinase  23.33 
 
 		 824 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5604  hypothetical protein  23.75 
 
 		 480 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1323  putative signal transduction protein  23.68 
 
 		 476 aa  84.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.282046  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1797  serine/threonine protein kinase  31.25 
 
 		 791 aa  83.6  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0902277  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5787  putative signal transduction protein  22.27 
 
 		 488 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.490103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1054  putative signal transduction protein  25.12 
 
 		 582 aa  71.6  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1592  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 703 aa  71.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  29.89 
 
 		 438 aa  70.5  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1735  hypothetical protein  21.38 
 
 		 477 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00484301  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  22.58 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  22.58 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  22.58 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2872  hypothetical protein  28.72 
 
 		 484 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  21.86 
 
 		 274 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  28.23 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  21.86 
 
 		 274 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  21.86 
 
 		 274 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2479  hypothetical protein  25.58 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1495  hypothetical protein  27.04 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1356  hypothetical protein  27.04 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1362  hypothetical protein  27.04 
 
 		 484 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.408165  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  21.05 
 
 		 274 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0100  hypothetical protein  24.51 
 
 		 290 aa  62.8  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254877  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0073  metal dependent phosphohydrolase  26.34 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2117  putative signal transduction protein  25 
 
 		 499 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1569  putative signal transduction protein  26.64 
 
 		 485 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3984  metal dependent phosphohydrolase  28.23 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  22.17 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  21.37 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  23.32 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2245  hypothetical protein  25.19 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0596147  normal  0.358585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1978  HDIG  29.59 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.663445 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1164  putative signal transduction protein  26.77 
 
 		 502 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.115265 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  25.12 
 
 		 517 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4298  putative signal transduction protein  26.77 
 
 		 499 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184086 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0709  putative signal transduction protein  26.29 
 
 		 507 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1188  putative signal transduction protein  26.29 
 
 		 507 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  25.85 
 
 		 293 aa  59.7  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  22.71 
 
 		 274 aa  59.7  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0073  metal dependent phosphohydrolase  25.27 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2914  signal transduction protein-like  26.79 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.87511 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1778  putative signal transduction protein  27.03 
 
 		 485 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.8908 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1582  thiamine-phosphate kinase  25.59 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1312  metal dependent phosphohydrolase  36.71 
 
 		 284 aa  56.6  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  23.02 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1199  putative signal transduction protein  25.69 
 
 		 269 aa  56.2  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000261595  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1986  metal dependent phosphohydrolase  26.32 
 
 		 280 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0536621  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1068  putative signal transduction protein  25.93 
 
 		 507 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1068  putative signal transduction protein  25.93 
 
 		 507 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0557  Metal-dependent hydrolase HDOD  26.02 
 
 		 269 aa  56.2  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.681688  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1787  HDIG  23.35 
 
 		 279 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2936  putative signal transduction protein  23.04 
 
 		 281 aa  55.5  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0085333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  20.59 
 
 		 274 aa  54.7  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3076  metal dependent phosphohydrolase  25 
 
 		 408 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  25.47 
 
 		 634 aa  54.3  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2486  histidine kinase  22.61 
 
 		 716 aa  54.3  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1583  putative signal transduction protein  21.67 
 
 		 279 aa  53.5  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.23287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2816  metal dependent phosphohydrolase  23.61 
 
 		 297 aa  52.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  23.21 
 
 		 718 aa  52.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2242  metal dependent phosphohydrolase  27.27 
 
 		 291 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1128  putative signal transduction protein  25.45 
 
 		 270 aa  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0651  metal dependent phosphohydrolase  35.06 
 
 		 280 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1202  signal transduction protein  25.45 
 
 		 292 aa  51.6  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.203689  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1184  histidine kinase  22.9 
 
 		 730 aa  51.6  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0470361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  21.92 
 
 		 282 aa  51.6  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0670  metal dependent phosphohydrolase  25.44 
 
 		 287 aa  51.6  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0674014  normal  0.44823 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1497  metal dependent phosphohydrolase  27.59 
 
 		 285 aa  51.2  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1771  metal dependent phosphohydrolase  26.15 
 
 		 297 aa  50.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.12 
 
 		 634 aa  50.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1690  putative signal transduction protein  20.69 
 
 		 305 aa  50.8  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  32.5 
 
 		 284 aa  50.8  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2515  putative signal transduction protein  23.9 
 
 		 293 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0024  putative signal transduction protein  22.4 
 
 		 351 aa  50.8  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3816  metal dependent phosphohydrolase  25 
 
 		 283 aa  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.411166  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0866  Metal-dependent hydrolase HDOD  25 
 
 		 270 aa  50.1  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  23.16 
 
 		 409 aa  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0779  metal dependent phosphohydrolase  25.42 
 
 		 297 aa  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0559606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>